Из документов фонда Главного интендантского управления (ф. 495) хотелось бы отметить переписку о заготовлении продовольственных припасов для войск действующей армии, переписку по делу сотрудника управления П. Э.Беспалова, похитившего секретные документы для ознакомления с ними поставщиков, а также отчет о деятельности Главного интендантского управления за 1904—1905 гг.

Фонд «Коллекция документов по Русско-японской войне» (ф. 487) включает в себя самые разные документы за период войны. Наибольшего внимания заслуживают: Проект реконструкции службы Генерального штаба, содержащий данные о разведке и контрразведке накануне войны, их финансировании и т. д.; Отчет по генерал-квартирмейстерской части действующей армии в период войны, включающий в себя сведения об организации и деятельности зарубежной агентурной разведки в период войны, разведке на театре военных действий и т. д. Следует также обратить внимание на показания свидетелей по делу Н. А. Ухач-Огоровича, содержащие любопытную информацию о злоупотреблениях тыловых чиновников.

В фонде управления главного полевого интенданта Маньчжурской армии (ф. 14930) отложилась переписка командования действующей армии с Военным министерством по вопросам снабжения армии различными видами интендантского довольствия, являющаяся ценным источником для изучения изнанки работы управленческого аппарата. Там не находятся телеграммы А. Н. Куропаткина некоторым высокопоставленным лицам с просьбой ускорить рассмотрение вопросов по снабжению армии в Военном министерстве.

Фонд управления главного инспектора инженерной части войск Дальнего Востока (ф. 16176) включает в свой состав документы о снабжении войск предметами инженерного довольствия, производстве инженерного имущества непосредственно на театре военных действий и т. д. В фонде 316 (Военно-медицинская академия) есть интересные материалы о революционном движении студентов и волнениях в академии, о ее финансировании, организации, численности студентов и т. д.

В фонде генерала В. А. Косаговского (ф. 76) хранится его дневник с 1899 по 1909 год. Косаговский был одним из руководителей русской разведки в действующей армии, поэтому дневниковые записи за период Русско-японской войны весьма интересны для нас. В фонде А. А. Поливанова (ф. 89) некоторый интерес представляет только подборка вырезок из либеральной и черносотенной прессы с 1904 по 1906 г.

Большого внимания заслуживают документы фонда А. Н. Куропаткина (ф. 165). В фонде содержатся дневники Куропаткина, в том числе и за период Русско-японской войны, отчеты и доклады подчиненных Куропаткина за 1904—1905 гг. и т. д. Интересны приложения к дневникам, где находятся таблицы и справки по различным проблемам действующей армии, служебная переписка, письма А. Н. Куропаткина императору и т. д. Из отчетов подчиненных главнокомандующего следует отметить доклад исполняющего обязанности главного полевого интенданта действующей армии генерал-майора К. П. Губера и отчет инспектора госпиталей 1-й Маньчжурской армии генерал-майора С. А. Добронравова. По ним можно проследить, как проявлялась на местах деятельность соответствующих главков Военного министерства.

В фонде А. Ф. Редигера (ф. 280) хранится рукопись его воспоминаний «История моей жизни», содержащая огромное количество информации о внутренней жизни аппарата Военного министерства, положении военного министра, децентрализации управления, формализме, бюрократизме и т. д. В рукописи есть яркие и образные характеристики некоторых высших чинов военного ведомства.

Документы остальных семи фондов (ф. 802, ф. 348, ф. 14390, ф. 14389, ф. 15122, ф. 14391, ф. 14394) непосредственно при написании текста диссертации не использовались, а послужили для более глубокого ознакомления с темой исследования, сравнительного анализа и т.