В январе 2000 года благодаря новым десантам и работе инженерных войск зона контроля в пограничном Итумкалинском районе Чечни была расширена, а все попытки боевиков прорваться в Дагестан или разблокировать выход из Аргунского ущелья в Грузию были отбиты с большими для них потерями.

К началу февраля федеральные войска взяли под свой контроль и выход из Аргунского ущелья на равнинные районы Чечни, закрыв так называемые «Волчьи ворота». Кольцо вокруг горной Чечни продолжало сжиматься, и под контроль российских войск перешли многие из крупных селений в горах, включая и родину Басаева — Ведено.

Боевики воздержались от боев в населенных пунктах и отходили на специальные базы в труднодоступных районах. Разрушение аулов было невыгодно самим боевикам. К тому же родной дом для многих чеченцев — это святыня, сохранить которую важнее, чем сохранить жизнь. К середине февраля в руках боевиков оставались только Шатойский район, часть Веденского ущелья и центральная часть Аргунского ущелья. Здесь находилось от четырех до шести тысяч боевиков, но это были наиболее непримиримые и опытные «воины Аллаха».

С конца февраля боевые действия велись почти исключительно в горных районах Чечни и по их периметру. Эти бои, как и следовало ожидать, оказались не только последней, но и самой трудной частью антитеррористической военной операции.

Еще в январе 2000 года на горных базах укрылось несколько тысяч боевиков, отступивших из равнинных районов и из предгорной части Чечни. В феврале сюда прорвались остатки разгромленных в Грозном и его окрестностях отрядов с тяжелораненым Басаевым, которого несли на носилках. В горах укрылись и другие из числа наиболее одиозных полевых командиров — Руслан Гелаев, Арби Бараев. Здесь находился большой отряд наемников-арабов во главе с Хаттабом, а также Аслан Масхадов — президент Чечни, с приказами и распоряжениями которого уже мало кто считался. Положение боевиков зимой было исключительно трудным: большую часть горных троп и дорог завалило снегом, а на снегу даже небольшой отряд оставлял следы, видимые с воздуха. Значительные силы боевиков стягивались в район селения Шатой, но федеральные силы уже хорошо освоили высадку десантов на вершинах гор, и вскоре все горные вершины вокруг Шатоя, как ранее вокруг Ведено, оказались под их контролем.

Предполагалось после массированных бомбардировок окружить и разгромить основные силы противника именно под Шатоем. У командования российскими войсками было очень большое желание закончить все главные военные операции в горах ко дню президентских выборов — 26 марта, хотя такой задачи Владимир Путин перед ними не ставил.

В начале февраля 2000 года в интервью газете «Красная звезда» командующий Объединенной группировкой войск генерал-полковник Виктор Казанцев заявил, что горную операцию в Чечне планируется завершить через две, максимум три недели. И действительно, в конце февраля в Шатойском районе началась крупная военная операция, которую некоторые из российских генералов оценивали как завершающую.

Когда после мощных бомбардировок и обстрелов федеральные войска взяли Шатой, заместитель командующего группировкой генерал-полковник Геннадий Трошев доложил руководству и заявил в беседе с телерепортерами, что широкомасштабная военная операция в горах Чечни завершена. Как сказал Трошев, организованных крупных отрядов боевиков здесь уже нет, остались осколки, «ошметки», разбегающиеся во все стороны. Это были, как оказалось, чрезмерно оптимистические и поспешные заявления. Ошибочным оказалось и заявление о том, что в боях под Шатоем большая часть находившихся там боевиков уничтожена и лишь немногие из них сумели вырваться из кольца окружения.

Исходя из таких оценок и донесений, министр обороны России маршал Игорь Сергеев доложил 29 февраля 2000 года Владимиру Путину о выполнении задач третьего этапа контртеррористической операции на Северном Кавказе.