Основные задачи в Чечне решала теперь не армия, а внутренние войска, органы внутренних дел, специальные подразделения МВД, ФСБ, Министерства юстиции, а также разведка армейских частей. Было решено оставить в Чечне на постоянной основе 42-ю гвардейскую мотострелковую дивизию, 46-ю бригаду внутренних войск и 14-й пограничный отряд. В строительстве и обустройстве военных баз для этих частей кроме военных строителей охотно принимали участие и строители-чеченцы из местных жителей.

Весной 2000 года оппоненты Владимира Путина пугали его неизбежной и масштабной партизанской войной в Чечне, которая может стать безнадежной и бесконечной, ибо в такой войне победить нельзя. Однако военной истории известны разные виды как партизанской, так и антипартизанской войны, и не было никаких оснований предполагать, что российское военное и политическое руководство не найдет ответа на новые угрозы.

Есть несколько основных условий для успешной партизанской войны. Это прежде всего поддержка населением, наличие прочных баз за пределами территории военных действий и активная помощь оружием, людьми и деньгами извне. О наличии таких условий в Чечне можно было бы говорить с очень большими оговорками.

К началу зимы 2000/01 года не федеральные войска, а сепаратисты оказались в критическом положении. В северных районах Чечни боевиков уже практически никто не поддерживал, и обстановка здесь оставалась спокойной на протяжении всего 2000 года. В предгорных районах большинство населения устало от войны и также не поддерживало боевиков. Многие занимали нейтральную позицию, но многие готовы были поддержать федеральную и новую чеченскую власть и с оружием в руках. Отряды чеченской милиции, комендантских рот и небольших воинских подразделений, сформированные из коренных жителей Чечни, намного превышали по численности поредевшие и лишенные единого руководства отряды боевиков. Поэтому не только все города, но и все прочие крупные населенные пункты Чечни — на равнине, в предгорных районах и в горах — находились к концу 2000 года под контролем военных комендатур, органов МВД и структур новой чеченской администрации.

Для усиления этого контроля в декабре 2000 года было принято решение создать почти во всех населенных пунктах Чечни небольшие объединенные гарнизоны из всех подчиненных российскому командованию вооруженных формирований. Такие гарнизоны начали создаваться в 250 (из общего числа 357) населенных пунктах республики. Одновременно была расширена работа по созданию новых спецформирований для адресной работы по уничтожению боевиков. Долго противостоять такому давлению боевики и их сторонники в Чечне не могли.

К концу 2000 года у боевиков практически не осталось прочных баз за пределами зон военной активности. Им негде было приводить в порядок потрепанные отряды, отдыхать, лечить раненых. Несколько ущелий в самых труднодоступных горных районах Чечни и в Грузии могли служить убежищем только для главных лидеров — Басаева, Хаттаба, Гелаева, Масхадова и небольших групп приближенных и охраны. Даже передвижения малых групп боевиков по территории Чечни стали для них крайне опасным делом.

Политическая и моральная поддержка чеченских сепаратистов со стороны определенных кругов Запада тоже резко ослабла к концу 2000 года. Сократили помощь чеченским боевикам и те страны мусульманского Востока, которые тайно и явно оказывали ее «независимой» Чечне в 1997–1999 годах. Поэтому говорить о широкомасштабной партизанской или даже «народной» войне в Чечне против России не было никаких оснований. Некоторые из ангажированных российских газет утверждали осенью 1999 года, что «моральный дух мятежников укрепляется, они проводят наращивание своих сил и готовятся перейти в контрнаступление».