16 мая 1937 был арестован Г. И. Бокий – хранитель Государственной тайны и тайный собиратель компромата на советских вождей. Уже на первых двух допросах 17 и 18 мая Глеб Иванович «покаялся» следователям – заместителю наркома внутренних дел, комиссару гос. безопасности 2 ранга Вельскому и старшему лейтенанту Али Кутебарову – в своих прегрешениях. Сообщил о созданной им еще в 1921 г. из сотрудников Спецотдела «Дачной Коммуне». А также об организованной в 1925 г. вместе с А. В. Барченко масонской ложе. «Органы» отреагировали на последнее заявление Г. И. Бокия серией арестов – один за другим с небольшими интервалами под стражу были взяты А. В. Барченко (22 мая) и другие бывшие члены ЕТБ в Ленинграде и Москве – Л. Н. Шишелова Маркова (26 мая), А. А. Кондиайн (7 июня), К. Ф. Шварц (2 июля), В. Н. Ковалев (8 июля). Та же участь постигла и наиболее высокопоставленных «учеников» А. В. Барченко, входивших в московскую группу – И. М. Москвина и Б. С. Стомонякова, хотя их арестовали и не в связи с «делом Барченко».

Обвинительная формула Барченко звучала совершенно стандартно: создание «масонской контрреволюционной террористической организации Единое Трудовое Братство» и шпионаж в пользу Англии. Что касается А. А. Кондиайна, то его обвинили в том, что он являлся участником «контрреволюционной фашистско масонской шпионской организации» и одним из «руководителей Ленинградского отделения ордена Розенкрейцеров, связанного с заграничным центром масонской организации „Шамбала“». Интересно отметить, что следователи присвоили московскому кружку А. В. Барченко особое название – «Шамбала Дюнхор», что, по видимому, должно было говорить о «маскировке» А. В. своей шпионской работы «лже научной деятельностью».

Для обвинения А. В. Барченко и его «сообщников» руководство НКВД разработало следующую легенду. На территории одного из восточных протекторатов Англии – какого именно, в деле не указывалось – существует некий религиозно политический центр «Шамбала Дюнхор». Этот центр имеет широко разветвленную сеть филиалов или ячеек во многих азиатских странах, а также в самом СССР. Его основная задача состоит в том, чтобы подчинить своему влиянию высшее советское руководство, заставить его проводить угодную центру (вернее, Англии) политику. С этой целью А. В. Барченко и участники созданного им «филиала» восточного центра пытались получить доступ к советским руководящим работникам. В то же время организация «Шамбала Дюнхор», являясь шпионско террористической, активно занималась сбором секретных сведений и подготовкой терактов – против тех же самых советских руководителей! Согласно этой легенде, следователи НКВД без особого труда квалифицировали как акт шпионажа получение А. А. Кондиайном от проф. Л. Г. Данилова работы о волновой природе погоды с последующей ее переправкой за границу. (В протоколе допроса А. А. Кондиайна читаем: «Эта работа имеет большое оборонное значение, т. к. вскрывает возможность указывать направление ветра и могла быть использована для военных целей – полете аэропланов, газовых атак» .)

Что касается обвинения в терроризме, то следствию удалось «раскрыть» план покушения на товарища Сталина во время его летнего отдыха на Западном Кавказе, якобы разработанный К. Ф. Шварцом совместно с А. А. Кондиайном. По одному из вариантов этого плана, террористы собирались обстрелять лодку вождя, когда он будет кататься на озере Рица. С целью подготовки теракта К. Ф. Шварц дважды выезжал в Гагры, в 1935 и 1936 гг., поскольку был информирован Г. И. Бокием, что Сталин ежегодно отдыхает там. У обоих заговорщиков имелось личное оружие (револьверы). Кроме этого, боевая организация имела особую «пиротехническую лабораторию» для изготовления взрывчатых веществ, которая помещалась на даче Евгения Гопиуса под Москвой .