После гражданской войны он командовал стрелковой дивизией и корпусом. С 1936 года — инспектор и заместитель командующего войсками Белорусского военного округа. В этой должности его и арестовали в 1938 году.

К нему применялись страшные пытки с целью вынудить его дать ложные показания о себе и других невинных. Позже один из сотрудников НКВД сообщил:

«Я лично видел в коридоре Лефортовской тюрьмы, как вели с допроса арестованного, избитого в такой степени, что его надзиратели не вели, а почти несли. Я спросил у кого-то из следователей, кто этот арестованный? Мне ответили, что это комкор Ковтюх, которого Серафимович описал в романе «Железный поток» под фамилией Кожух».

Ковтюх мужественно перенес истязания, отрицал предъявленные ему обвинения, не дал ложных показаний.

Обращаясь к Сталину из тюрьмы, он писал: «Я тот Кожух, который с 60-тысячной массой беженцев, их жен и детей, полураздетыми, полуголодными, недостаточно вооруженными совершил 500-верстный поход, перевалив через Кавказский хребет, и вывел эту армию из вражеского окружения. Я командовал той дивизией, которая ночной атакой освободила Сталинград от белых…

За что погибаю и зачем такая жестокая расправа со мной — не знаю. Я со слезами заканчиваю и надеюсь, что вы спасетемне жизнь».

Тщетны были надежды испытанного воина: ответа не последовало. Обвинив его в контрреволюционном заговоре, к нему применяли жестокие пытки, но, не добившись ни единого доказательства вины, судили как заговорщика. Приговор — высшая мера наказания.

Е. И. Ковтюха расстреляли 28 июля 1938 года.

В прилагаемом очерке рассказывается об освобождении дивизией Ковтюха Царицына.

Последний бой за Царицын

_{(В сокращении)}

В период тяжелого положения на Южном фронте, когда противник приближался к гор. Орлу, а Мамонтов, совершая свой рейд, доходил до Козлова, угрожая центру советской страны, я возвратился после своего выздоровления в Москву и сделал в РВСР подробный доклад о жизни и боевой деятельности Таманской армии.

В своем докладе я просил РВСР разрешить мне в срочном порядке создать Таманскую дивизию путем объединения уцелевших таманских частей.

РВСР согласился с моим предложением, и был дан соответствующий приказ от 9 сентября 1919 г. за № 1431/286. Срок окончательного формирования дивизии был назначен в полтора месяца. Получив все указания от РВСР и необходимое имущество, я выехал из Москвы и 22 сентября прибыл в Вольск, где и приступил к выполнению возложенной на меня задачи.

Таманцы и кубанцы, услышав призыв для сбора и похода на Кубань, быстро отозвались со всех концов РСФСР. Сначала они прибывали в гор. Вольск одиночным порядком, а потом партиями и командами.

К концу ноября 1919 г. положение на Южном фронте ухудшилось. Ввиду этого Таманская дивизия, не окончившая своего формирования, была срочно переброшена на фронт под Царицын в распоряжение командарма-И.

По прибытии в район с. Владимировки, где всей дивизии приказано было сосредоточиться, я получил приказ командарма-И образовать из 48-й Таманской и 50-й стрелковой дивизий 50-ю Таманскую дивизию, коей после формирования поручалось взять гор. Царицын.

Обстановка, сложившаяся на фронте 10-й и 11-й армий ко 2 января, настоятельно требовала немедленного взятия гор. Царицына, так как, находясь в руках противника, город разъединял 10-ю и 11-ю армии и препятствовал их согласованному продвижению на юг. Со взятием города обе армии входи пи в тесную связь между собой.

Главная надежда в атаке возлагалась на старых таманцев, многое испытавших и закаленных в неоднократных ночных боях во время 500-километрового похода в тылу у белых.

Очень большую помощь в смысле моральной подготовки частей оказали рабочие бывшего Французского завода, с которыми красноармейцы имели возможность лично беседовать.