Во время войны, в 1915 году, Ян призван в армию и работает окопным агитатором на Северо-Западном фронте. Спасаясь от царской охранки, он в 1916 году перебирается в Петроград и устраивается на завод слесарем, продолжает революционную работу. В Октябрьские дни вместе с латышскими красными стрелками участвовал во взятии Зимнего дворца, входил в состав партийных комитетов Выборгского района и всего Петрограда. После Октября работал в ВЧК у Ф. Э. Дзержинского, участвовал в подавлении выступления эсеров в Москве, в разгроме мятежа в Ярославле. Затем работал в наркомате внутренних дел секретарем местного отдела управления делами, членом редколлегии Вестника НКВД РСФСР.

В марте 1919 года он вернулся в ставшую советской Латвию на пост товарища наркома внутренних дел. Но здесь ему пришлось поработать лишь два месяца. Уже в мае Ригу захватили интервенты. А в июле начинается служба Берзина в Красной Армии. Он назначается начальником политотдела 11-й Петроградской стрелковой дивизии, затем начальником Особого отдела ВЧК Армии Советской Латвии, которая стала позднее 15-й армией (август 1919 — ноябрь 1920 годов). С этой армией он участвовал в сражениях против войск генерала Н. Н. Юденича и в советско-польской войне. Особенно тяжелыми были бои, когда белые захватили Ямбург, Лугу, Красное Село, Гатчину, Павловск и оказались, таким образом, в непосредственной близости от Петрограда. 21 октября 15-я армия перешла в наступление и освободила захваченные противником населенные пункты. К концу декабря враг на петроградском направлении был разгромлен.

Весной армию перебросили на Западный фронт, где она воевала с 1-й польской армией в районах Лепеля, Полоцка, Свенцяны, Молодечно, а затем вышли к Варшаве, но вскоре вынуждены были отступить. Тогда Берзин выполнял задание Дзержинского по эвакуации войск из Белостока.

Незадолго до расформирования 15-й армии Железный Феликс рекомендует его на работу в Региструпр Полевого штаба РВСР (потом Разведупр, Разведотдел Штаба РККА). На прощание сотрудники политотдела преподнесли Берзину портсигар и художественно оформленное письмо, в котором выражали свое искреннее огорчение по поводу расставания со своим начальником, который успел не только зарекомендовать себя как руководитель и коммунист, но и сохранить при этом лучшие человеческие качества, что в разгар братоубийственной Гражданской войны удавалось далеко не каждому. В тот период, когда Гражданская война шла к концу, в военную разведку были направлены многие коммунисты, имеющие опыт работы в разведке и контрразведке, подпольной партийной деятельности, люди, знающие языки и зарубежные страны. На них будут опираться в работе Зейбот и Берзин.

В течение года он возглавляет ключевой — агентурный отдел управления, который назывался тогда оперативным, а в декабре 1921 года становится заместителем начальника советской военной разведки. Новая работа Берзину нравится, и он с энтузиазмом берется за дело. Уже в начале 20-х годов он и сам побывал нелегально за рубежом — в Германии, Чехословакии, Польше, Англии, а впоследствии неоднократно выезжал и в эти и в другие страны.

Оценка деятельности Разведотдела была дана, например, 10 марта 1923 года начальником Штаба РККА П. П. Лебедевым и комиссаром С. С. Даниловым в приказе по Штабу № 151, где говорится о «чрезвычайно быстром развитии разведывательного дела в Красной Армии, охватывающего, в сущности говоря, весь мир, характеризующего современное состояние вооруженных сил иностранных государств, следящего за развитием военного дела за границей, учитывающего новейшие изобретения сухопутной, морской и воздушной военной техники. Многочисленные нити связывают Разведывательный Отдел Штаба РККА со всеми военными, политическими и гражданскими государственными учреждениями и войсковыми частями, пользующимися результатами трудов этого Отдела, собирающего отовсюду сведения, книги, журналы, образцы и прочие материалы. Периодическая печать почти всех стран мира проходит через горнило центральной разведывательной машины.