9 января 1349 года в Базеле всю еврейскую общину в составе нескольких сотен человек сожгли в деревянном здании, специально построенном для этой кошмарной цели на одном из островов на Рейне, после чего местные власти издали распоряжение, запрещавшее евреям селиться в Базеле в течение двухсот лет. В Страсбуре городской совет, выступавший против преследования евреев, был смещен по инициативе городских гильдий, а на его место избрали другой, призванный считаться с народным негодованием действиями евреев. В феврале 1349 года, еще до того как чума появилась в городе, евреи Страсбура, насчитывавшие две тысячи человек, были сожжены на костре (за исключением тех, кто принял христианство).

Появились у евреев и другие враги — флагелланты, религиозные аскеты-фанатики, подвергавшие себя самобичеванию ради искупления грехов. Их движение на почве религиозного фанатизма приняло характер массового психоза и распространилось по Европе подобно чуме. Флагелланты считали себя спасителями и истязали до крови свои тела, чтобы испытать на себе страдания Христа на кресте и тем самым искупить человеческие грехи и заслужить новый шанс на благодатное развитие человечества.

Группами от двухсот до трехсот человек (а иногда, по словам хронистов, числом около тысячи) флагелланты шествовали из города в город, бичуя себя кожаными хлыстами с острыми железными наконечниками. Процессия сопровождалась призывами к милосердию Иисуса Христа и Девы Марии и возгласами «Боже, пощади нас!» и немедленно собирала толпу, заливавшуюся слезами от сострадания и сочувствия. Эти группы давали своеобразные представления неизменно три раза в день — два раза на людях на площади перед церковью и один раз в своем тесном кругу. Под руководством предводителя из мирян флагелланты объединялись в диковинные товарищества обычно на срок в тридцать один с половиной день, тем самым как бы инсценируя срок земной жизни Христа.

В течение этого срока флагеллантам не разрешалось тратить на свое содержание больше четырех пенсов в день; им запрещалось мыться, стричься, менять одежду, спать в постели, вступать в связь с женщинами. Что касается женщин, то запрет на общение с ними был, вероятно, не слишком жестким, поскольку позднее флагелланты стали устраивать оргии, сочетавшие самоистязание с сексом. Кроме того, еще до времен, когда флагелланты начали устраивать подобные оргии, женщины входили в их группы, шествуя позади. Но если женщина или священнослужитель вмешивались в процесс самобичевания флагеллантов, наказание за грехи считалось непринятым и к нему надлежало приступить сызнова. Движение флагеллантов носило, по существу, антиклерикальный характер, ибо они брали на себя роль посредников с Богом.

Движение это зародилось в Германии, а затем распространилось в Нидерландах, во Фландрии, в Пикардии. Сотни групп флагеллантов шествовали из города в город, вызывая всеобщее возбуждение и утверждая, что без них «все христианство ожидает вечная смерть». Их повсюду благоговейно встречали, звонили в колокола, устраивали у себя на ночлег, приводили к ним на лечение хворых детей. Люди марали свою одежду их кровью, прикладывали к глазам, а затем хранили как предмет поклонения. Постепенно в ряды флагеллантов стали вливаться рыцари и светские дамы, священники и монахини, а их процессии стали украшать расшитые золотом флаги, изготовленные экзальтированными особами.

Возомнив о своей значимости, флагелланты стали противодействовать церкви. Их предводители присвоили себе право исповедовать грешников, отпускать им грехи или налагать епитимью, что не только уменьшило доходы священников, но и стало открытым вызовом церковным властям. Священников, пытавшихся воспрепятствовать, флагелланты побивали камнями, подстрекая толпу следовать их примеру. Флагелланты врывались в церкви, срывали службы, грабили алтари, убеждали людей в своей способности изгонять злых духов и воскрешать мертвых. Движение, поначалу стремившееся спасти мир от гибели, теперь рвалось к власти, чтобы взять верх над церковью.