По прибытии Феодосьева на «Чехословак» в Омск ему сильно не понравилось большое количество начальства в штабах и обильное бумаготворчество, обычно сопровождающее штабную работу, потому он немедленно отправился в Томск, взяв на себя вооружение других кораблей, стоявших в городском порту. Еще до его отъезда для оперирования в Товде были направлены суда «Зайсон», «Александр» и «Иртыш». Первые два имели полевые трехдюймовые пушки на колесах, последний был вооружен британским шестифунтовым морским орудием. В штабе флотилии бытовала идея относительно целей Иртышской флотилии, состоявшая в том, что суда 1-го ее дивизиона предназначались для сражений, а 2-го — только для обороны различных плесов. Николай Рудольфович Гутан был направлен штабом командовать «Александром» и «Иртышом». Пароход «Зайсон» был возвращен в порт для перевооружения. В Омске нужно было вооружать «Катунь», «Алтай», «Зайсон», «Туру» и несколько катеров, приданных флотилии.

Вскоре в Омск прибыли 20 британских шестифунтовых орудий и долгожданные снаряды к четырехдюймовым орудиям. Шестифунтовыми орудиями решено было вооружить «Зайсон» и 2-й дивизион, установив на него четыре орудия, оставив по одному на все прочие свои суда. «Катунь» и «Алтай» было решено вооружить двумя британскими двенадцатифунтовыми орудиями, прибывшими в Россию сложными путями из Кента, которые устанавливались на носу судна и дополнялись 4,7-дюймовыми орудиями на корме. «Ермак» и «Урал», суда того же типа, должны были вооружаться в Томске с той разницей, что вместо двенадцатифунтовых орудий на них должны быть установлены трехдюймовые полевые. Вооружение «Зайсона», «Катуни» и «Туры» продолжалось около десяти дней, после чего Верховный правитель адмирал A. B. Колчак сделал смотр кораблям и батальону одновременно. Смотр прошел удачно. Колчак остался доволен увиденным и был впечатлен подготовленностью морских офицеров. По иронии судьбы, буквально на следующий день после смотра штабом флотилии было получено известие о том, что «Иртыш» и «Александр» захвачены большевиками, а Николай Рудольфович Гутан и все находившиеся с ним на судах экипажи убиты.

В начале сентября 1919 года «Катунь» вышла вниз по реке, держа путь к Тобольску. На корабле туда отправились начальник штаба, лейтенант резерва британского флота, награжденный национальной медалью «За заслуги» Дмитрий Николаевич Федотов и флаг-поручик по адмиралтейству Михаил Иванович Запрудин. Пулеметным офицером «Катуни» был поручик Антон Павлович Василевский. Ставкой командиру «Катуни» были даны инструкции, что цель флотилии, главным образом охранять движение каравана барж, шедшего с большим количеством военного снаряжения с устья реки Оби в Томск, а также охранять подступы к Омску. Мысль о скорой сдаче Тобольска ставкой тогда не допускалась.

Из Усть-Ишима, куда добрались суда флотилии, экипажем «Катуни» была поддержана небольшая операция по высадке десанта у деревни Новой, где несколько большевиков вместе с местными жителями отрезали обоз Воткинской дивизии. В этом десанте участвовал и экипаж парохода «Зайсон». На берег высадилась комендантская команда Воткинской дивизии и добровольцы с «Зайсона». По дороге к деревне Новой на «Катунь» были взяты несколько солдат Воткинского обоза, усилившие собой эту десантную операцию. Большевики тем временем уже подступили к Усть-Ишиму и действительно двигались по Ишимскому тракту. Флотилия отступила к Таре. Само отступление заняло у нее дня три-четыре.