«Ивнинг Стандард» он оставил в 1938 году. Ему самому и всем вокруг него было ясно, что с первого же дня войны он, как эксперт по Восточной Европе, будет призван в Форин Оффис на ответственную должность. Уже в 1938 году, сразу после Мюнхена, к нему обратился глава британской разведки Рекс Липер, знавший его еще до 1914 года, и просил письменно подтвердить данное ему Локкартом устное согласие с первого дня военных действий вступить в должность в специальный отдел министерства иностранных дел на все время войны и взять на себя дела, связанные с Россией в департаменте политической информации. По мнению Липера, он должен был «оживить этот политический отдел». Гарольд Никольсон был тогда же приглашен на такое же место по Восточной Европе, и Липер делил с ним ответственность за эту часть континента. Локкарт тотчас же на бумаге подтвердил свое обещание и меньше чем через год, как он говорил, «снова оказался чиновником». Тогда же, перед самым началом войны, в январе 1939 года, он съездил в Америку и привез в Лондон свой первый отчет, «конфиденциальный меморандум для Форин Оффис о моих впечатлениях от США». На этой должности он к 1944 году дошел до положения главного начальника оперативного отдела британского министерства иностранных дел (находившегося под непосредственным руководством Черчилля). Здесь он сблизился с тем, кто в американской разведывательной службе занимал аналогичное ему место, Робертом Шервудом, позже – директором Европейских разведывательных операций при военно-информационном бюро США и автором многочисленных романов и пьес, известным американским писателем. «Мы с ним делились всеми нашими секретами, как когда-то в России с Робинсоном», – писал Локкарт впоследствии. Секретов было много, не меньше было и серьезных проблем, которые разрешались ими сообща: «Как наша секретная служба, так и американская вели войну не только на фронте, но и в стране, войну психологическую, стратегическую, разведочную и контрразведочную». В этой войне ближайшее участие принимал подружившийся на деловой почве с Локкартом Уильям Донован, позже соперник Эдгара Гувера на поприще внутриамериканской разведывательной службы. Шервуд оставил о Локкарте, в нескольких словах, живую характеристику: «В 1939 году, – писал он, – мой товарищ по службе был все понимающий, объективно судящий, острого ума шотландец, Роберт Брюс Локкарт, автор „Мемуаров британского агента" и многих других превосходных книг… Мы несли друг другу все наши заботы и огорчения». С Шервудом Локкарт продолжал работать до начала 1950-х годов, когда тот занял место советника при Эйзенхауэре, на котором и оставался вплоть до самой своей отставки.

До самого начала войны и воздушных обстрелов Локкарт продолжал все в том же Карлтон-грилле, в обшитой деревом и увешанной канделябрами зале, завтракать со своими знакомыми и Друзьями, от герцога Виндзорского до советского посла Майского и от Черчилля до германского кронпринца. Позже здесь с ним бывали чехи, поляки, сербы, болгары, румыны, венгры и русские (а в 1920-х гг. Савинков, убийца вел. кн. Сергея Александровича, и Рутенберг, убийца Гапона, и десятки других пользовались его гостеприимством). В этом же ресторане, между завтраками с Мурой, Локкарт до самой войны продолжает встречаться с Керенским.