В 1939 году, в январе, оба вместе успели побывать в США в последний раз перед войной. Теперь и Ян, и Бенеш жили в Лондоне, откуда Ян вел ежедневные радиопередачи на Чехословакию. В 1940 году было сформировано – под нажимом друзей, среди которых одну из первых ролей играл Локкарт, – чехословацкое правительство в изгнании, и Ян был назначен министром иностранных дел, а Бенеш – президентом. Локкарт стал при этом правительстве британским представителем. Бенеш начал к этому времени быстро угасать: его годы, незнание английского языка, его слабое здоровье и удары, нанесенные событиями, постепенно лишили его возможности заниматься делами. Он вместе с Яном вернулся в Прагу после войны. Назначенный английским правительством английский посланник в Прагу должен был их сопровождать, но советское правительство заявило протест, и Ян начал понимать, что оно очень скоро станет настоящим хозяином его страны.

После войны, в качестве министра иностранных дел, Ян половину времени был в разъездах: на конференциях в Сан-Франциско, Нью-Йорке, Париже. Локкарт к нему приехал в Прагу в 1947 году. В этот год советское правительство уже не позволило чешской делегации, во главе с Яном, выехать на очередную парижскую конференцию, и Ян принужден был поехать в Москву, чтобы получить директивы. Вернувшись, он сказал Локкарту, который его ждал: «Я поехал как министр, а вернулся как лакей».

В январе 1948 года Ян был на сессии ООН в США. Они виделись в последний раз на пути Яна домой, в Лондоне. У него все еще были иллюзии, что русские в Чехословакии допустят свободные выборы. Он уехал в конце января. 25 февраля пришла телеграмма, что Бенеша заставили подать в отставку. Ночью с 9 на 10 марта Ян выбросился из окна во дворце в Градчанах. До Локкарта дошла записка к нему: накануне смерти он писал, что надеется бежать. Локкарт до конца не был уверен, покончил ли он с собой, или его убили и самоубийство было симулировано.

В последние годы войны в Лондоне у всех кругом было по две, а то и по три службы: в военной пропаганде, в отделе британского радио, ведавшего оккупированной Европой, в экономических отделах министерств. Локкарт сблизился не только с Черчиллем, с которым давно был знаком, но и с Иденом, которому он помогал разрешать проблемы, возникающие между чехами и поляками. В июне 1941 года он стал особым заместителем товарища министра иностранных дел и координатором англо-французских отношений, работая с представителем правительства де Голля в Лондоне Массильи. Наконец, случилось то, чего он с нетерпением ждал все эти годы: осенью 1943 года приехала в Англию советская делегация во главе с членом политбюро Шверником. Шверник, увидев Локкарта, который был назначен к нему переводчиком, сказал ему: «Я хорошо вас помню. Я думаю, нынче мы оба согласимся с тем, что вы в свое время были центром таких событий, нити которых до сегодняшнего дня было бы трудно распутать». С этим Локкарт не нашел нужным спорить.

После войны, когда ему исполнилось шестьдесят лет, он говорил, что из него ничего не вышло, что он разменялся на мелочи, что он не стал ни Лоуренсом Аравийским, хоть и мечтал им быть, ни министром иностранных дел Великобритании, ни великим писателем, несмотря на все книги, им написанные, ни мореплавателем и открывателем новых земель. Но это было уже тогда, когда он должен был по возрасту отказаться от предложенного ему места посланника и когда король Георг VI наградил его личным дворянством: он получил чин второго класса и стал «Рыцарь-командор св. Михаила и св. Георгия», после того как король приколол ему на грудь белый эмалевый крест с ликами двух святых по обеим сторонам. На этом этапе его жизни никто не мог и не хотел принимать всерьез его жалоб на неудавшуюся жизнь.

Мура отдала шесть лет работы группе Лабарта, куда попала «экспертом по русским делам» на полусекретную службу по рекомендации Локкарта.