П. X. Обольянинов пользовался полным доверием Павла I. Своей близостью к монарху он вызывал трепет у самых высоких сановников. К его дому непрерывно подъезжали экипажи: сенаторы приезжали с докладами, от него ждали милостей. В его дом наведывались даже великие князья Александр и Константин. По словам одного из современников, Д. Б. Мертваго, «с каждым днем становясь сильнее, Обольянинов вскоре уподобился великому визирю. Все лично имевшие доклад у государя получили приказания присылать свои представления через генерал-прокурора и были принуждены объясняться по всем делам с Обольяниновым, соображаться с его мнением или, лучше сказать, с его приказанием, которое казалось всем волею царя».

Обольянинов был на редкость непримирим к подношениям. Когда некая Угриновичева вместе с прошением по делу прислала генерал-губернатору карманную книжку, расшитую шелком, он направил ее прошение и подарок генерал-губернатору Эртелю и попросил возвратить их заявительнице, предупредив, чтобы она впредь воздержалась «от неприличной переписки и дерзкой посылки подарка».

Время царствования Павла I было очень тяжелым. В обществе усилилась подозрительность, репрессии приняли еще более зловещий характер. По поручению императора генерал-прокурор Обольянинов, в руках которого находилась ненавистная всем Тайная экспедиция, организовывал слежки даже за самыми высшими сановниками, заподозренными в чем-нибудь предосудительном. «Время было самое ужасное, – писал современник, – государь был на многих в подозрении. Знатных сановников почти ежедневно отставляли от службы и ссылали на житье в деревни». В частности, Павел I санкционировал «наблюдение за поведением» сына знаменитого фельдмаршала – Николаем Румянцевым, за бывшими своими фаворитами – князьями Алексеем и Александром Куракиными, графами Кириллом и Андреем Разумовскими, князем Голицыным и другими лицами.

Много шума вызвало дело лифляндского пастора Ф. Зейдера, в библиотеке которого оказалась запрещенная книга Лафонтена «Вестник любви». По доносу библиотеку опечатали, а пастора отправили в Петербург и после допроса заключили в Петропавловскую крепость. Вскоре был вынесен приговор – «наказав телесно, сослать в Нерчинск на работу». Обольянинова в связи с делом Зейдера возненавидели еще больше.

Строгий и требовательный, Петр Хрисанфович все же не страдал излишней подозрительностью. Именно этим и воспользовались участники заговора против Павла I, избрав дом генерал-прокурора местом своего сбора. Однако за два дня до убийства Обольянинов предупредил императора о готовящемся заговоре.

11 марта 1801 года, в ночь убийства Павла I, Обольянинов был арестован в своем доме. Зная переменчивый нрав государя, он решил, что все происходит по его повелению. Когда его привели в ордонанс-гауз, он лег и уснул… На рассвете ему объявили о кончине государя и отпустили домой. А еще через пять дней указом Александра I отправили в отставку «за болезнью».

Следующие семнадцать лет он жил в своем доме в Москве, не занимаясь ни государственной, ни общественной деятельностью. Затем московские дворяне избрали его своим предводителем. Впоследствии он еще дважды удостаивался этой чести, но в 1828 году, когда его хотели избрать на четвертый срок, категорически отказался.