Однако время пребывания Глебова в должности генерал-прокурора оказалось весьма недолгим и довольно бесцветным. Оно характеризуется почти полным отсутствием «доношений» от представителей местной прокуратуры. А те немногие, которые к нему поступали, он обычно направлял в Сенат, не делая никаких предложений. Видимо, больше его занимали другие проблемы.

О корыстолюбии Глебова и даже императора рассказывала, в частности, княгиня Дашкова. Однажды Глебов, а также сенаторы Мельгунов и Нарышкин получили от некоего Хорвата по две тысячи дукатов каждый за то, что обещали поспособствовать решению его вопроса в Сенате. Когда они сообщили об этом Петру III, он не только не возмутился лихоимством своих вельмож, но даже похвалил их за то, что не скрыли от него подарков, и потребовал себе половину. После этого Петр III самолично отправился в Сенат и решил дело в пользу Хорвата.

Будучи опытным царедворцем, хитрым и изворотливым (современники называли его «человеком с головой»), А. И. Глебов очень тонко оценил обстановку во время дворцового переворота 1762 года и, несмотря на привязанность к Петру III, сразу же поддержал Екатерину II. Поскольку он обладал не только исключительными способностями, но и трудолюбием, императрица, знавшая о его дурных наклонностях и корыстолюбии, продолжала держать Глебова на высшем прокурорском посту. Более того, она поручила ему вместе с графом Н. И. Паниным руководство только что созданной Тайной экспедицией, расследовавшей все политические дела.

Почти не занимаясь организацией работы подчиненных ему прокуроров, Глебов сосредоточил все внимание на деятельности Сената, хозяйственных и финансовых вопросах, подготовке различных узаконений. Именно в этом состояли многочисленные поручения императрицы, которые он исполнял очень оперативно, в считаные дни. Например, по предложению Екатерины II он подготовил специальное узаконение, направленное на борьбу с лихоимством судей и чиновников.

Но вскоре его положение при высочайшем дворе пошатнулось, чему в немалой степени способствовала всплывшая вдруг история с винным откупом в Иркутске. Императрица, услышав о скандальном деле, своим указом приказала «окончить следствие» и взяла его под личный контроль. Глебов, хотя и оставался генерал-прокурором, помешать этому уже не мог. В результате по приговору Сената бывший следователь Крылов был наказан кнутом в Иркутске, а затем отправлен на вечную каторгу. Имение его пошло с молотка, а вырученные деньги раздали «обиженным» им людям. Императрица нашла, что Глебов в этом деле оказался «подозрительным и тем самым уже лишил себя доверенности, соединенной с его должностью». 3 февраля 1764 года он был смещен с поста генерал-прокурора и «переименован» в генерал-поручика с предписанием императрицы «впредь ни на какие должности его не определять».

Тем не менее Екатерина II не склонна была отказываться от толкового, хотя и корыстолюбивого сотрудника. Поэтому

Глебов сохранил за собой должность генерал-кригскомиссара, а в 1773 году даже пожалован в генерал-аншефы. В 1775 году его назначают смоленским и белгородским генерал-губернатором. Но тайное опять становится явным – уже в следующем году ревизия вскрыла серьезные злоупотребления и хищения в Артиллерийской конторе и Главном кригскомиссариате, учиненные во время его руководства, обнаружила недостачу огромных сумм денег, значительного количества сукна и других материалов – всего на полмиллиона рублей (сумма по тем временам фантастическая!). По поручению императрицы была создана специальная следственная комиссия, а в июне 1776 года Глебов был вызван из наместничества в столицу, и тогда же его отстранили от всех должностей «донеже по делам, до него касающихся, решение последует». Александр Иванович оказался под судом и подвергся допросам. Окончательный приговор по делу был утвержден Екатериной II лишь 19 сентября 1784 года.