В другом письме она отмечала: «Мужа снова хотят использовать на работе в центральном аппарате МИД, и это даст нам много больше и будет намного важнее, чем его нынешний пост за границей… Я очень довольна, что Молотов побывал в Берлине. Было бы ужасным, если бы между нашими странами возникли конфликты, которые привели бы к войне. Я надеюсь, что хорошие отношения возобновятся».

Однако эти ее надежды не оправдались. Началась война, которая навсегда нарушила связь «Марты» с советской разведкой. Накануне нападения гитлеровской Германии на Советский Союз «Вардо» передала «Марте» условия связи на чрезвычайный период, но ими уже никто и никогда не воспользовался. Долгое время судьба «Марты» была неизвестна. Только после войны резидент внешней разведки в Германии Александр Коротков установил, что во время одной из бомбардировок Берлина британской авиацией ее надломленная психика не выдержала. «Марта» заболела, попала в психиатрическую больницу, откуда уже не вышла.

Что касается Федора, то после отзыва в Москву он в 1937 году выезжал в Голландию, где установил контакт с бывшим разведчиком одной из западных стран, проживавшим в Германии, и привлек его к работе на Советский Союз. От источника поступали весьма важные материалы, которые освещали главным образом вопросы строительства военных судов, аэродромов и посадочных площадок в Германии.

В начале 1938 года в связи с предательством Вальтера Кривицкого Федор вновь был отозван в Москву. 27 мая 1938 года он был арестован и находился под следствием до июня 1939 года. Причиной ареста была его совместная работа с репрессированными сотрудниками ИНО Гордоном и Силли, а также рекомендации, которые ему ранее дали репрессированные к тому времени Дерибас и Смирнов. Лишь в июне 1939 года он был освобожден из заключения по указанию Берии. Как ни странно, этому способствовали письма «Марты» к нему, а также то, что она продолжала по просьбе оперработника сотрудничать с советской разведкой. Обвинения в том, что Федор работал с «Мартой» «под колпаком» гестапо, также отпали как беспочвенные.

В 1940 году Парпаров был восстановлен в НКВД с присвоением звания майора госбезопасности, что соответствовало званию армейского полковника.

В конце 1940 года Ф.К. Парпаров выехал в Эстонию, где восстановил связь с «Эльзой», одним из ранее завербованных им агентов в германском министерстве иностранных дел. «Эльза» сообщила, в частности, о концентрации германских вооруженных сил на юго-восточном направлении и передала разведчику другие ценные сведения. Особо важное значение имела информация о наращивании Германией своих войск на югославской границе, которые затем были введены в эту страну для подавления народного восстания. Эта операция на три недели отсрочила нападение Германии на Советский Союз. Активная работа с «Эльзой» продолжалась до весны 1941 года. Позднее выяснилось, что «Эльза», подобно «Марте», пострадала во время бомбардировки Берлина английской авиацией, получила тяжелую контузию и скончалась в американской зоне оккупации.

С весны 1941 года Ф. Парпаров с «легальных» позиций выполнял ответственное задание Центра в Прибалтике. Война застала его вместе с семьей в Литве. Эвакуироваться пришлось под непрерывными бомбежками и под огнем немецких танков. С большим трудом разведчик добрался до Москвы. В июне 1941 года он был зачислен в состав Отдельной мотострелковой бригады особого назначения 4-го управления НКВД.