Корпус подчинялся Временному Сибирскому правительству, где тон задавали эсеры и областники. Погоны, символ старого режима, были заменены нарукавными шевронами, кокарды на фуражках – бело-зелеными, цветов сибирского флага, ленточками. При Колчаке погоны вернулись, но ленточки Пепеляев сумел отстоять, как и двуцветное корпусное знамя. Он верил, что в борьбе с деспотией большевиков «вольная Сибирь» принесет России свободу в обмен на собственную автономию.

Его добровольцы и легионеры Гайды за три месяца рассеяли отряды красногвардейцев, заняли Иркутск, Верхнеудинск, Читу. Другая группа чехов захватила Владивосток, атаман Калмыков – Хабаровск. Сибирских стрелков перебросили на Урал, и к концу 1918 года корпус Пепеляева, насчитывавший уже свыше пятнадцати тысяч штыков, оказался на острие удара, который Ставка Колчака направила на запад, на Пермь и Вятку, а в перспективе – на Москву.

В декабрьские морозы сибиряки, разгромив красную 3-ю армию, штурмом взяли Пермь. Пепеляеву досталось множество пленных и огромные трофеи. За этот успех он получил от Колчака орден Святого Георгия 3-й степени, а от главы союзнической миссии в Сибири генерала Жанена – французский Croix de Guerre с серебряной пальмовой ветвью. В двадцать семь лет он стал генерал-лейтенантом, командующим Северной группой Сибирской армии (с июля 1919 года – 1-я Сибирская армия). Его слава была так велика, что, когда Колчак заболел и неделю находился между жизнью и смертью, общественное мнение прочило Пепеляева на место верховного правителя. Журналисты именовали его «любимым вождем», штатные виршеплеты из Осведарма, слагатели «солдатских песен», которые никто никогда не пел («Ой, да полетели сокола, ой, да со восточной стороны» – это о наступлении на Пермь), рифмовали «вражьи трупы» и «пепеляевской Северной группы». Лучший бронепоезд носил имя Пепеляева, корпусная газета «Пепеляевец» печатала стихи:

Всем любо имя – Пепеляев,

Идет в народе слух о нем.

Русь от непрошеных хозяев

Он очищает день за днем.

Или еще более оптимистичные:

Будем скоро в Кремле,

И по Русской земле

Прогремит Пепеляева слава!

К созданию собственного культа он не приложил никаких усилий и палец о палец не ударил, чтобы его поддержать. Кого-то нужно было назначить героем на белом коне – назначили его. Колчаковская пресса всячески раздувала значение «пермского триумфа», его символический смысл усматривали даже в том, что город был взят 11 (24) декабря, в день, когда в 1790 году пал Измаил, и вместе с этой победой вырастала в масштабах фигура триумфатора – «сибирского Суворова». На пару месяцев к нему прилепился этот титул. Пепеляев идеально подходил на амплуа солдатского любимца, смелого, прямодушного и неприхотливого, как герой Измаила. «Простота» – первое, что корреспонденты пермских газет отметили в командире Среднесибирского корпуса. Сам его облик работал на миф о нем. Казалось, даже лихо заломленная на затылок фуражка (это видно на самом популярном из его снимков) говорит об отсутствии интеллигентских колебаний и сомнений, хотя, скорее всего, она ему просто мала. Для его громадной головы нелегко было подобрать фуражку нужного размера.

Поначалу он подчинялся Гайде, тоже произведенному Колчаком в генерал-лейтенанты и назначенному командующим Сибирской армией, а после его отставки стал фигурой номер один Восточного фронта. Этот фронт, проходивший по Уралу и Вятской губернии, для белых в Сибири являлся западным, однако назывался так же, как у красных, для которых он действительно был восточным.