"...В деле Новикова, - пишет проф. Сиповский, - не все шло так гладко и невинно, как это иногда представляют исследователи. Нельзя не обратить, например, внимания на то, что даже в своих показаниях Новиков далеко выходит за пределы той деятельности, которая была бы свойственна чистому масонству. Он, по собственному признанию, выпускает в свет "мерзкие" книги, принимает деятельное участие в сношениях с Павлом, имеет в руках бумаги, от которых сам приходит в "ужас", однако, переписывает и сохраняет их. В своих ответах Шешковскому, Новиков несколько раз хитрит, запирается, говорит неправду; два раза он давал подписку в том, что не будет продавать запрещенных книг, и все же продавал. В руках правительства были еще какие-то бумаги, уличающие Новикова." Граф Ф. В. Ростопчин сообщил Великой Княгине Екатерине Павловне (дочери Павла I), что однажды у Новикова "30 человек бросало жребий, кому зарезать Императрицу и жребий пал на Лопухина".

...Свое суждение об этом деле Екатерина высказала в указе на имя кн. Прозоровского от I августа 1792 года. В этом указе приведены следующие обвинительные, пункты.

I. Они делали тайные сборища, имели в оных храмы, престолы, жертвенники; ужасные совершались там клятвы с целованием креста и Евангелия, которыми обязывались и обманщики и обманутые вечной верностью и повиновением ордену Златорозового креста с тем, чтобы никому не открывать тайны ордена, и если бы правительство стало сего требовать, то, храня оную, претерпевать мучения и казни.

II. Мимо законной Богом учрежденной власти, дерзнули они подчинить себя герцогу Брауншвейгскому, отдав себя в его покровительство и зависимость, потом к нему же относились с жалобами в принятом от правительства подозрении на сборища их и чинимых будто притеснениях.

III. Имели они тайную переписку с принцем Гессен-Кассельским и с прусским министром Вельнером изобретенными ими шрифтами и в такое еще время, когда Берлинский двор оказывал нам в полной мере свое недоброходство. Из посланных от них туда трех членов двое и поныне там пребывают, подвергая свое общество заграничному управлению и нарушая через то долг законной присяги и верности подданства.

IV. Они употребляют разные способы, хотя вообще, к уловлению в свою секту известной по их бумагам особы. В сем уловлении, так и в упомянутой переписке. Новиков сам признал себя преступником.

V. Издавали печатные у себя непозволенные, развращенные и противные закону православному книги и после двух сделанных запрещений осмелились еще продавать оные, для чего и завели тайную типографию. Новиков сам тут признал свое и сообщников своих преступление.

VI. В уставе сборищ их, писанном рукою Новикова, значатся у них храмы, епархии, епископы, миропомазание и прочие установления и обряды вне святой нашей церкви непозволительные. Новиков утверждает, что в сборищах их оные в самом деле не существовали, а упоминаются только одною аллегорией для приобретения ордену их вящего уважения и повиновения, но сим доказываются коварство и обман, употребленные им с сообщниками для удобнейшего слабых умов поколебания и развращения. Впрочем, хотя Новиков и не открыл еще сокровенных своих замыслов, но вышеупомянутые, обнаруженные и собственно им признанные преступления столь важны, что по силе законов тягчайшей и нещадной подвергает его казни. Мы, однако ж, и в сем случае, следуя сродному нам человеколюбию и оставляя еще время на принесение в своих злодействах покаяния, освободили его от оной и повелели запереть его на пятнадцать лет в Шлиссельбургскую крепость".

"Дружеское ученное общество" было закрыто и все изданные им масонские книги сожжены. Но даже заключение в Крепости не поколебало убежденного масона Новикова.

Выпущенный на свободу Павлом I, Новиков, по характеристике К. Валишевского, "вернувшись к франкмасонству, увлекается самыми грубыми и эксцентричными формами его." Но и после осуждения Новикова и других масонов Екатерина все еще не может понять, кто является истинным виновником французской революции.