Кортес использовал как политические, так и военные средства для осуществления своих планов. В Веракрусе индейцы убили нескольких испанцев, в том числе командира Эскаланте. Поэтому 14 ноября 1519 года Кортес приказал арестовать своего гостеприимного хозяина Монтесуму прямо в его дворце, обвинив властителя в организации нападения в Веракрусе.

В своем докладе Карлу V Кортес представил свои насильственные действия как меру, необходимую для обеспечения безопасности испанцев и для соблюдения интересов короля. Плененный император служил гарантом безопасности его солдат, ведь в этом авторитарном государстве никто не решился бы предпринять что-либо против европейцев без санкции Монтесумы.

Следующим шагом Кортеса стала организация официального отречения Монтесумы от престола. В декабре 1519 года в присутствии высших персон империи был проведен формальный акт принесения присяги на верность испанскому монарху, ввиду отсутствия представленному персоной Эрнана Кортеса. Подчинение страны верховной власти Карла V было торжественно заверено нотариусом.

После перехода власти к Кортесу Монтесуме ничего не оставалось, как подарить сокровища отца чужеземцам. Индейцы ценили золото лишь в виде искусных украшений, испанцы же переплавляли драгоценные произведения искусства в слитки и ставили на них королевское клеймо.

В начале мая 1520 года, спустя шесть месяцев после прибытия в Теночтитлан, с побережья пришло сообщение, которое обеспокоило Кортеса. В Мексике объявилась карательная экспедиция под командованием Панфило де Нарваэса. Ее послал Диего Веласкес для расправы с непокорным Кортесом.

Перед конкистадором возникла угроза войны на два фронта. Попытки договориться с Нарваэсом не увенчались успехом.

Зная о большом численном превосходстве армии Нарваэса, Кортес тем не менее разделил свое и без того немногочисленное войско. Небольшому отряду удалось незамеченным пробраться к столице тотонаков, где расположился карательный отряд, и застать противника врасплох. Армия кубинского наместника сложила оружие. Таким образом, Кортес, недавний возмутитель спокойствия, стоявший во главе кучки авантюристов, стал независимым предводителем армии, доселе не виданной в Новом Свете.

Но в это время Эрнан получил тревожные сообщения из Теночтитлана: ацтеки напали на гарнизон. Мексиканцы имели достаточно оснований для того, чтобы использовать отсутствие Кортеса для нападения на испанцев в Теночтитлане: пленение их правителя, опустошение дворцов, кража сокровищ из золота и серебра, осквернение храмов и разрушение изображений богов… И, наконец, присутствие смертельных врагов, тласкаланцев, что больше всего оскорбляло гордый народ теноча.

24 июня 1520 года, когда положение испанцев в Теночтитлане стало отчаянным, Кортес вновь вошел в мексиканскую столицу. Со своим отрядом он пробился ко дворцу Асаякатля и оказался в осаде. Кортес приказал построить переносной деревянный мост, с помощью которого можно было преодолеть разрушенные переходы через каналы.

30 июня 1520 года Кортес отдал приказ о выступлении из столицы. В ночь на 1 июля, когда испанцы переходили через мост, индейцы напали на завоевателей и нанесли им сокрушительный удар. В пресловутую ночь печали погибли все орудия, 80 лошадей, 459 испанцев. Были уничтожены весь обоз и большая часть захваченных в спешке сокровищ. Кортес едва не погиб.

7 июля 1520 года у Отомпана, или, как его называют испанцы, Отумбы, Кортес встретился с огромной армией мексиканцев, примерно в 200 000 воинов, а у испанцев больше не было огнестрельного оружия. Тем не менее испанцы и тласкаланцы с яростью обрушились на превосходящие силы противника. Кортес во главе конного отряда прорвался сквозь гущу врагов и пронзил пышно одетого вождя ацтеков копьем. Когда индейцы увидели свои штандарты в руках испанцев, они запаниковали и бросились бежать.