Считается, что учредительное собрание нового клуба было проведено 3 апреля 1905 года на площади Пласа Солис в Буэнос-Айресе, где собрались пятеро молодых энтузиастов футбола, итальянцев по происхождению. Там-то и было решено организовать новый футбольный клуб. Поскольку все учредители жили в районе, который называется Ла-Бока, клубу дали название «Бока Хуниорс» — «Молодежь Боки».

Желающих играть в футбол в новом клубе было немало, поскольку все другие клубы Буэнос-Айреса уже были укомплектованы. Вскоре «Бока Хуниорс» уже играл в одной из столичных лиг. Одна из легенд, дошедших до нас от тех времен, объясняет, каким образом были выбраны клубные цвета — синий и золотой. Согласно легенде, первоначально футболисты «Боки» хотели играть в футболках с черно-белыми полосами, но такую же форму облюбовали футболисты другого клуба, и спорный вопрос решался на футбольном поле: права на черно-белые полосы закреплялись за победителем.

Но «Бока Хуниорс» проиграл, и тогда футболисты решили положиться на судьбу: посмотреть, какие цвета будут на флаге судна, которое первым войдет в порт Буэнос-Айреса. Первым оказался пароход из Швеции, а флаг этой страны представляет собой золотой крест на синем поле…

Другая легенда связана с историей давнего соперничества с клубом «Ривер Плейт». Дело в том, что первоначально этот клуб, основанный на 4 года раньше «Боки», базировался в том же районе Ла-Бока. Постепенно оба клуба набирали силу, и, в конце концов, их руководители решили, что одному из них надо бы перебраться в другой район. Спорный вопрос опять решался на футбольном поле, но теперь победа была за «Бока Хуниорс». Так ли было на самом деле, но еще с 20-х годов «Ривер Плейт» базируется в другой, северной части столицы Аргентины.

А вот непримиримое соперничество этих двух клубов — это уже не легенда. Оно началось на любительском уровне и стало особенно острым, когда с 1931 года в Аргентине стали разыгрываться профессиональные чемпионаты. Первым чемпионом, кстати, был «Бока Хуниорс», но зато «Ривер Плейт» выигрывал чемпионаты чаще и по общему количеству побед к нашему времени ушел вперед на целый десяток.

Соперничество перешло на новый, международный уровень, когда в Южной Америке с 1960 года стал разыгрываться Копа Либертадорес, а затем и другие клубные турниры. Здесь вперед вырвался «Бока Хуниорс» — «Ривер Плейт» впервые выиграл Кубок Либертадорес только в 1986 году, а у «Боки» уже были две победы. В 1996 году «Ривер Плейт» завоевал Кубок Либертадорес во второй раз, но на этом пока и остановился, а у «Бока Хуниорс», начиная с 2000 года, последовал невиданный, мощный взлет, который вывел клуб в число самых титулованных в мире.

Одним из лидеров команды был тогда футболист-универсал Гильермо Скелотто. Другим — Марсело Дельгадо. В начале 2000-х годов в «Бока Хуниорс» начиналась карьера еще одного выдающегося футболиста — Карлоса Тевеса. В 2005 году, правда, он перешел в бразильский клуб «Коринтианс», чтобы потом перебраться в Европу, однако успел выиграть с «Бокой» несколько международных трофеев. Но в первую очередь взлет аргентинского клуба связан с именем выдающегося тренера Карлоса Бьянки, возглавлявшего «Боку» в 1998–2001, а затем в 2003–2004 годах.

В 2000 году клуб Бьянки завоевал свой третий Кубок Либертадорес, причем в четвертьфинале ему пришлось играть с «Ривер Плейт». В первом матче победу праздновал соперник — 2:1, но во втором с разгромным счетом 3:0 победил «Бока Хуниорс».