Надеждам Адольфа сразу попасть на оперативную работу сбыться было не суждено: его направили в картотеку. Но и там он сумел проявить себя, показав, какой он трудолюбивый специалист и прирождённый организатор. Эйхман привёл всю картотеку в идеальный порядок и наладил её работу, как у безупречного механизма. Это оценило высокое руководство, и Адольф получил перевод в IV управление, в гестапо, которым уже руководил Генрих Мюллер.

Сам скрупулёзный канцелярист, Мюллер сумел по достоинству оценить старания Адольфа Эйхмана и лестно отозвался о нём перед рейхсфюрером СС Генрихом Гиммлером. При этом было отмечено наличие буквально звериной ненависти Эйхмана к евреям. Подобное качество понравилось рейхсфюреру и он поинтересовался у Мюллера:

— Эйхман знает иврит?

— Думаю, да, — ответил шеф гестапо.

— Тогда мы его назначим в управление по еврейским делам, — заключил Гиммлер.

Так Эйхман стал непосредственно заниматься «еврейским вопросом», причём не только в Германии. Он смотрел на распространение сионистских организаций и попытки евреев захватить определённые направления в культурной и социально-экономической сфере, чтобы полностью поставить их под свой контроль, куда шире, чем только с позиций немецкого национал-социализма. В 1937 году Эйхман специально отправился с секретной миссией в Палестину. Его основной целью являлось налаживание контактов с лидерами арабского палестинского движения, противостоящего евреям. Видимо, как полагают западные исследователи, Эйхман намеревался договориться с арабами о расширении и активизации диверсионной и террористической деятельности. Он обещал им серьёзную финансовую помощь и поставки необходимого оружия из Германии и Италии. Однако тайный эмиссар РСХА попал в поле зрения агентуры британской «Сикрет Интеллидженс Сервис» — Палестина тогда являлась подмандатной территорией Великобритании. Естественно, англичанам не понравился такой гость, и эмиссару из Берлина пришлось прервать контакты с палестинскими лидерами — англичане выслали Эйхмана. Они не желали осложнений.

Адольф почёл за благо убраться поскорее, чтобы не связываться с английскими секретными службами, но в Фатерланде его усердие уже отметили, и Эйхман начал быстро продвигаться по служебной лестнице, получив звание оберштурмбаннфюрера СС. В эти годы он служил в Центральном имперском управлении по вопросам еврейской эмиграции, а затем получил назначение начальником подотдела Б-4 отдела IV Главного управления имперской безопасности. В то время он уже считался одним из основных и признанных специалистов по «еврейскому вопросу» и участвовал во многих секретных совещаниях имперского уровня, где рассматривались направления дальнейшей политики Третьего рейха в отношении «неполноценных рас».

В период Второй мировой войны Эйхман очень активно занимался «окончательным решением еврейского вопроса», как это было запланировано на Ванзейском совещании. Евреев депортировали в лагеря смерти из всех стран, которые оккупировал вермахт, и даже из стран-сателлитов Германии.

В начале осени 1944 года Адольф Эйхман представил рейхсфюреру СС Гиммлеру подробный доклад о положении дел с «еврейским вопросом», в котором жаловался на отсутствие точной статистики, из-за чего невозможно более полно оценить масштабы проделанной работы. Но, тем не менее, по оценкам Эйхмана, к моменту подготовки доклада уже было уничтожено порядка четырёх миллионов евреев и ещё около двух миллионов уничтожили другие немецкие службы. Рейхсфюрер выразил своё полное удовлетворение.

Предсказания гадалки из Вены сбывали: Эйхман делал головокружительную карьеру среди человеческих черепов и костей, разжигая адское пламя печей и крематориев.

Не принимавший участия в боевых действиях, — хотя многие эсэсовцы побывали на фронтах и даже получали ранения, — в конце войны Эйхман сумел улизнуть ближе к западу, и там был арестован американской контрразведкой.