Две недели спустя капитан Рогге перехватил переданное британцами предупреждение, что в Индийском океане мог появиться немецкий вспомогательный крейсер, замаскированный под японское судно. Немедленно «Атлантис» сбросил своё «кимоно» и превратился в нидерландский теплоход «Аббекерк».

Второй его жертвой стал норвежский теплоход «Тирранна», гружённый припасами для австралийских войск в Палестине. Капитан Рогге послал на него призовую команду и несколько недель возил за собой, используя как плавучую тюрьму. Через месяц после «Тирранны» жертвами рейдера один за другим стали ещё три судна, а в следующем месяце целых пять.

Сообщения, найденные в мусорной корзине одного корабля, открыли немцам морские торговые коды британцев. После этого Адмиралтейство отдало приказ всем своим кораблям сообщать по радио о подозрительных судах, невзирая на последствия. Как следствие этого, «Атлантис» получил приказ сначала открывать огонь, потом вести переговоры. Радиограммы успевали послать примерно с каждого второго атакованного рейдером корабля, большая часть которых обстреливалась из орудий и иногда со значительными повреждениями. Впрочем, следует отметить, что капитан Рогге вёл свою морскую войну настолько «цивилизованно», насколько было возможно в тех условиях. Он содержал пленников в каютах и брал на борт всё, что можно было спасти. За 20 месяцев, проведённых Рогге в плавании, был момент, когда он держал более тысячи пленников всех возрастов, обоих полов и 20 национальностей. Им всем выдавался тот же рацион, который получала команда. Днём им позволялось выходить на палубу, если только «Атлантис» не вёл бой, и купаться в брезентовом бассейне. Капитаны потопленных судов имели отдельные каюты. Когда пленников предстояло переводить на другие корабли, капитан Рогге устраивал в честь капитанов прощальные обеды.

Первая половина осени 1940 года оказалась для «Атлантиса» крайне скудной на добычу: всего один корабль за сорок дней. Зато в ноябре в течение двух суток ему попались сразу три судна. Норвежский танкер «Оле Якоб», до краёв заполненный высокооктановым бензином, был без сопротивления захвачен двумя подплывшими на моторной лодке офицерами «Атлантиса», переодевшимися британскими офицерами. Норвежский же танкер «Тедди» горел несколько часов, превратившись в огромный факел, видимый за несколько миль. А британский корабль «Аутомедон», перевозивший важные документы, включая совершенно секретный отчёт военного кабинета и почту для британского дальневосточного главного командования, сдался после того, как выпущенный с рейдера снаряд убил всех, кто находился на мостике.

1941 год начался для «Атлантиса» неважно — всего четыре судна за несколько месяцев. Одним из них был египетский лайнер «Зам зам», перевозивший 140 американских миссионеров. И пассажиры, и команда «Зам зама» — всего 309 человек — были благополучно переведены на «Атлантис». На следующий день другой немецкий корабль — «Дрезден» — освободил рейдер от всех пленников и через некоторое время доставил их в Бордо. От ужаса, который внушал рейдер, союзники страдали, пожалуй, не меньше, чем от потери своих судов. Британцам пришлось послать свои боевые корабли, крайне необходимые в других районах, на юг на его розыски; капитаны транспортных судов были вынуждены вести их обходными маршрутами, тратя попусту время и горючее; стало труднее набирать команды, и приходилось выплачивать надбавку за «опасную зону».

Большую часть лета «Атлантис» бороздил южные просторы Индийского океана, не встречая никого, кроме чаек.