Вновь избранный после смерти Урбана VI папа Петр Томачелли, принявший имя Бонифация IX, был другом семьи Косса и ровесником Балтазара, но в отличие от последнего слыл безграмотным невеждой. Он немедленно назначил Коссу архидиаконом в собор Святого Евстафия для того, чтобы способный помощник был всегда при нем в Ватикане. По мнению современника и биографа Коссы секретаря Ватикана Дитриха фон Нима, Бонифаций IX не мог ничего решить самостоятельно, и всеми делами фактически заправлял Косса. Он составлял папские буллы и энциклики, писал тексты анафем, которые папа направлял своим врагам, устанавливал цены за должности, объявлял аукционы по ним и придумывал другие способы пополнения папской казны. Балтазар стал незаменимым человеком при папском дворе и пользовался выгодами своего положения. Его друзья, спасшиеся вместе с ним при кораблекрушении, а затем из крепости, получили выгодные должности, а Яндру Балтазар поселил в одном из роскошнейших римских палаццо и навещал ее по ночам, не упуская, впрочем, возможности встречаться и с другими женщинами. Он внимательно следил за изменениями в политической жизни. Когда один из противников Бонифация IX, Колонна, организовал против него заговор, Косса встал во главе папского войска. Заговорщики были разгромлены, главных зачинщиков повесили.

В благодарность за заслуги 27 февраля 1402 года Бонифаций IX возвел своего друга в сан кардинала. Уже упомянутый выше секретарь Ватикана Дитрих фон Ним писал: «Неслыханные, ни с чем не сравнимые „дела“ творил Косса во время своего пребывания в Риме. Здесь было все: разврат, кровосмешение, измены, насилия и другие гнусные виды греха, против которых обращен был когда-то гнев Божий». И далее: «Только в Болонье Коссе удалось совратить более 200 женщин. Он поехал туда по поручению папы для решения различных вопросов, касающихся церкви и политики, но не забыл при этом и своих любовных дел. Любовницами его были замужние женщины, вдовы, девушки и монашки, жившие в монастырях. Некоторые из них любили его и добровольно становились его любовницами, но некоторые были грубо изнасилованы прямо в монастырях».

В начале 1403 года Косса отправился по поручению Бонифация IX в Болонью, чтобы выяснить политическую обстановку, и попутно попытался разыскать Иму Даверону, с которой не виделся восемнадцать лет. Но Имы в Болонье не оказалось. По словам ее бывшей служанки, она вышла замуж и переехала жить в Милан.

Из Болоньи Косса в начале 1403 года выехал в Феррару, где возглавил войско, которое вскоре заняло Болонью, Реджо и Парму, т. е. города, отпавшие от Папской власти и управлявшиеся местными феодалами. В этой операции Балтазар Косса проявил себя не только как способный военачальник, прекрасно разбиравшийся во всех тонкостях стратегии, но и как отличный политик и превосходный дипломат, ловко использовавший интригу, обман и предательство. В результате 25 августа 1403 года Болонья, Перуджа и Ассизи — самые богатые приходы Папской области — оказались в подчинении папского легата кардинала Балтазара Коссы. Продвигаясь к цели, Косса оставлял за собой море крови, но эта беспримерная жестокость только поднимала его в глазах Бонифация IX и кардиналов. Во всех военных походах Балтазара сопровождали двое его верных друзей, два старых пирата — Ринери Гуинджи и Гуиндаччо Буонакорсо. Первый из них, знакомый с теологией, благодаря поддержке Коссы выдвинулся и стал епископом Фано. Ну, а Гуиндаччо Буонакорсо остался простым священником, так как даже Косса не решался дать ему более высокий сан.