В ноябре 1406 года Балтазара известили о том, что в Риме скоропостижно скончался «от апоплексического удара» папа Иннокентий VII, преемник Бонифация IX, правивший всего два года. Косса немедленно выехал из Болоньи в Ватикан. Эммануэль Фанчелли пишет: «Все знали, что папа Иннокентий VII постоянно завидовал политическим успехам своего легата и помышлял о том, чтобы лишить его управления Болоньей. И когда он умер, поползли слухи, что он отравлен Коссой и его единомышленниками. Со временем эти слухи подтвердились». Официальное обвинение в убийстве было предъявлено Коссе только в мае 1415 года на Констанцском соборе, а в ноябре 1406 года конклав по его совету избрал папой Анджело Коррарио, который принял имя Григория XII. Первым протокол об избрании папы подписал Балтазар Косса.

Григорий XII понимал свою зависимость от всесильного кардинала. Он во всем советовался с ним, оставив его легатом в Болонье. Это был наиболее видный и значительный пост в папском государстве. Косса стал первым из кардиналов. Но постепенно Григорий XII стал тяготиться опекой Коссы и, чтобы ослабить его влияние в среде высших священнослужителей, назначил много новых кардиналов. Взаимоотношения папы и первого кардинала обострились. Григорий XII предал Балтазара Коссу анафеме и лишил звания и прав легата. Жители Болоньи и Романьи освобождались от клятвы верности Коссе. В ответ на это Косса объявил себя абсолютным и независимым властелином областей, которыми он ранее управлял от имени папы. Кроме того, он приступил к объединению священнослужителей и правителей государств, недовольных правлением папы Григория XII.

Известно, что 7 апреля 1378 года, впервые после семидесятишестилетнего перерыва, конклав собрался не в Авиньоне, а в Ватикане, чтобы избрать нового папу. Четыре кардинала-итальянца избрали папой архиепископа Бартоломео, принявшего имя Урбана VI, который обосновался в Риме, а кардиналы-французы, вернувшись в Авиньон, избрали папой Роберта Женевского, принявшего имя Климента VII. Так было положено начало расколу Римской церкви. Этот раскол католического мира внес необыкновенную путаницу в церковные дела: пап избирали сразу по двое, причем каждый из них называл соперника «антипапой». Так, в начале XV столетия в разных городах со своими конклавами восседали Григорий XII и Бенедикт XIII. 15 июня 1409 года двадцать четыре кардинала, десять из которых были сторонниками папы Бенедикта XIII, правившего в Авиньоне, и четырнадцать — папы Григория XII, собрались в Пизе, чтобы низложить этих пап и избрать одного. Большинство кардиналов высказалось за то, чтобы папой стал Косса. Но бывший пират считал, что его время еще не пришло, и, поблагодарив собравшихся, предложил кандидатуру критянина Петра Филарга, кардинала и профессора Парижского университета, известного своей образованностью и высокой моралью, принявшего имя Александра V.

Теперь, после Пизанского собора 1409 года, пап стало три, и каждый из них предал анафеме двух других! Григория признавали в Неаполитанском королевстве, в Венгрии, в части германских княжеств; Бенедикта — в Испании и Шотландии; Франция, Англия, Польша, Богемия, многие немецкие и итальянские государства называли «наместником Бога на земле» Александра V… Косса щедро обеспечивал Александра V средствами и при этом держал папу в полной зависимости, делая все, что хотел, и по существу управлял церковью.

В это же время Косса вновь встретил Иму Даверону. Узнав о соборе, она уговорила мужа приехать в Пизу и вот уже десять дней жила в городе, тайно приходя к дому, где поселился Косса, в надежде увидеть возлюбленного. Балтазар снял лучшее палаццо в городе, чтобы там встречаться с Имой. Их идиллия продолжалась почти месяц, пока Яндра не выследила любовников. Нанятый ею убийца четыре раза ударил Иму стилетом. Негодяя схватили и заставили назвать имя заказчика убийства.