И Нельсон, и Гамильтоны жили на широкую ногу, средств, естественно, не хватало, и скоро они начали делать долги. В поисках средств сэр Уильям попытался получить компенсацию за свое имущество, потерянное в Неаполе. Нельсон, разумеется, подтвердил эту потерю, но правительство на все просьбы ответило резким отказом. То же повторилось, когда Нельсон попросил выплачивать ему не половинное, а полное жалованье. Это была еще одна пощечина герою.

Не слишком хорошо складывались у Нельсона отношения с Адмиралтейством. Если лорд Спенсер и его ближайшее окружение относились к Нельсону с пониманием, то основная масса чиновничества его явно недолюбливала за вечные придирки в отношении улучшения снабжения своих кораблей и команд. А потому его то и дело вызывали на ковер, требуя отчетов по бесконечным казенным бумагам.

Вскоре, устав от семейных дел и чиновничьего произвола, Нельсон снова запросился в море. Разумеется, он хотел бы вернуться на Средиземное море, однако новый главнокомандующий британским средиземноморским флотом лорд Кейт и слышать не желал о возвращении взбалмошного младшего флагмана. Получение нового назначения осложняли слухи об отношениях Нельсона с Эммой Гамильтон, ухудшение зрения его единственного глаза и, наконец, скандальная тяжба из-за призовых денег с одним из адмиралов. А потому вместо хорошо знакомого Нельсону Средиземного моря ему предложили командовать эскадрой, готовящейся к походу в Балтийское море. Иных предложений не предвиделось, и Нельсон согласился. Ему предписали отправиться в Плимут и поднять свой флаг на линейном корабле "Сан-Джозеф", том самом, который некогда был захвачен Нельсоном в абордажной схватке при Сент-Винсенте. Капитан Харди уже вывел корабль на рейд и принимал припасы. 16 января 1801 года Нельсон ступил на палубу своего нового флагмана и поднял вице-адмиральский флаг.

Корабли к походу на Балтику готовились спешно, так как политическая обстановка в этом регионе складывалась далеко не в пользу Англии. Все началось с того, что российский император Павел 1 обиделся на австрийцев и англичан за их двойную игру во время совместных боевых действий против французов в Италии и на Средиземном море. Особенно оскорбил Павла I отказ англичан от своего первоначального обещания отдать России Мальту. К Мальте у Павла отношение, как известно, было особое, ибо он все еще числился гроссмейстером Мальтийского рыцарского ордена. Разрыв бывших союзников произошел почти мгновенно. Разозленный на предательскую политику англичан, Павел срочно отозвал армию Суворова и эскадру Ушакова, демонстративно вышел из антифранцузской коалиции и, к ужасу Лондона, заключил союзнический договор с Парижем. Для Туманного Альбиона это стало настоящим ударом. Решение российского императора разом перечеркивало все былые успехи англичан и ставило Англию в очень тяжелое положение. Но отпадением России от антифранцузского союза дело не кончилось. Примеру Петербурга решил последовать и Копенгаген, так как датчане не без оснований опасались вторжения французских армий. Профранцузскую позицию заняла и Швеция. На Балтике сложилась ситуация, когда российский, шведский и датский флоты, объединившись, могли представить серьезную угрозу британским берегам.

Теперь забот у Нельсона прибавилось. Главнокомандующий вице-адмирал Паркер письмом (лично они еще не встречались) препоручил своему младшему флагману заниматься всей подготовкой к плаванию, к тому же состав создаваемого Балтийского флота был весьма пестрым: в него включали всё, что только могли наскрести, — старые, давно стоящие на приколе корабли, всевозможные трофейные французские и испанские суда. Столь же сборными были и команды, куда помимо матросов с торговых и рыбацких судов пришлось набирать и арестантов. Много возни было с парусным снаряжением и артиллерийским вооружением, ибо и французский, и испанский флоты имели свои особенности и в том и в другом.