Крестоносцы графа Симона де Монфора заливали кровью альбигойский Прованс, на Луаре благословлённые папой рыцари резали вальнедсов, в Ломбардии — гумилатов, на Балканах — богомилов. Расследование (inquisitio) преступных стремлений еретиков жить по евангельским заповедям взял на себя орден 4 псов Господних" (Domini canes), утвержденный в правах в 1216 г. уже новым папой Гонорием III (1216–1227).

Еретиков Фридрих не жалел: католики пытали и жгли на кострах своих же христиан, не трогая иноверных ученых из университета в Палермо. А папа-воспитатель убедительно доказал ему, что ересь в соответствии с римским правом тождественна оскорблению высшей власти ("оскорблению величества") и посему подлежит наказанию государственному. Поскольку же ересь — чума души, смертельный враг лучшего, что есть в человеке, ее надлежит истреблять, как заразу — сожжением на костре. Во исполнение постановлений Латеранского собора Фридрих утвердил имперским законом суд инквизиции и сожжение еретиков светской властью (1224).

Но прежде чем проводить по всей империи свои законы, Фридрих должен был покинуть ненавистный север и венчаться императорским венцом в Риме (1220), поклявшись соблюдать и расширять папский сюзеренитет (верховную власть) над Сицилией, Южной и Центральной Италией, а также не позднее, чем через год, отправиться в крестовый поход. Эту тяжкую ношу он нести очень не хотел.

Объединив отцовское германское наследство с материнским сицилийским, Фридрих вернулся в Палермо и зажил счастливо. Напрасно старый и больной папа Гонорий твердил про крестовый поход. У императора было полно мирных дел. Он продолжал обустраивать Сицилию, добавив к наемной армии сильный флот для защиты самого острова и южного берега Италии от пиратов. В Германии он укрепил своё влияние, щедро раздавая светским и духовным князьям административные и судебные права и раздаривая огромный фонд имперских земель. В глазах Фридриха северные владения Штауфенов не имели ценности. Его заботил лишь порядок, а его обеспечивали князья на местах. Когда рейнские города возмечтали о правах вольных коммун, как вольные города будущего Ганзейского союза, Фридрих издал указ, запретивший городам добиваться свободы or сеньоров и грозивший ослушникам суровой карой (1232).

Оторвав взор от постылого севера, император решительно зашагал по карте на юг, где на стыке Африки и Азии ал-Идриси крупно высек слово: Иерусалим. Фридрих всегда знал, зачем папа толкает его в крестовый поход. Гораздо ближе, посредине Италии, лежала вздувшаяся раковой опухолью Папская область, границы которой угрожающе наползали на королевский Юг и отрезали его от искони мятежного Севера. Там, на севере Италии, бившие еще его дедушку Фридриха Барбороссу Ломбардские города готовы были восстать, как только имперские рыцари уйдут на долгую и кровавую войну за Святую землю.

Лишь под угрозой отлучения от церкви Фридрих обещал выступить в поход (1225) и тут же женился на Изабелле, дочери обиженного папой иерусалимского короля Жана. Видя, что имперские рыцари уже пришивают к своим плащам крест, Ломбардия вооружилась. Крестоносцы готовы были двинуться вместо Святой земли на Северную Италию, но новый папа Григорий IX (1227–1241) пресек усобицу. 80-летний племянник Иннокентия III хорошо подшутил и над избравшими его для "краткого понтификата" кардиналами, и над уповавшим на его немощь императором. Когда Фридрих отплыл в крестовый поход с подошвы "италийского сапога", из Бриндизи, чтобы несколько дней спустя вернуться назад "по болезни", папа решительно отлучил императора от церкви (1227).