Масштабы преследований были огромны. Против нововведений выступили не только многие представители городского духовенства, но и князья. Наиболее известен из них Аввакум. Старообрядцев ссылали по отдельным монастырям, урезывали языки и избивали кнутами. Это делали с верующими людьми, которые желали, как это и было предписано собором ранее, креститься двумя, а не тремя пальцами. Кровь и страдания лились по всей Руси. За что? За что по всей стране ловили людей, пытали, били, снимали головы, сжигали? Сам Аввакум, вместе с другими защитниками старой веры, был расстрижен и отправлен в Пустозерский острог. Здесь, в сырой яме, в холоде и голоде, он должен был находиться до смерти. У многих из сосланных вырвали языки. Аввакум вопрошал: «Огнем, да кнутом, да виселецею хотят веру утвердить! Какие апостолы научили так? Не знаю. Мой Христос не приказал нашим апостолам так учить». В 1682 году Аввакум был сожжен живьем в Пустозерске. Опорой старообрядцев стал Соловецкий монастырь, где отказались руководствоваться новыми богослужебными книгами. Для подавления бунта были посланы войска, которые держали монастырь в осаде в продолжение восьми лет.

Затем последовал шквал самосожжений старообрядцев, начавшийся в 1675 году. Добровольно в огне погибло не менее двадцати тысяч человек. Эти самосожжения продолжались в течение всего XVIII столетия. Прекратились они только при Екатерине II.

Петр I относился к духовенству очень реалистически, без трепета и коленопреклонения. Но на веру он руку поднимать не разрешал. Известен такой факт. Когда В.И. Татищев иронически отзывался о некоторых книгах Библии, Петр вызвал его к себе и задал ему трепку своей знаменитой дубинкой. При этом Петр приговаривал: «Как же ты осмеливаешься ослаблять такую струну, которая составляет гармонию всего тона?.. Я тебя научу, как должно почитать священное и не разрывать цепи, все в устройстве содержащей…. не на тот конец старался я тебя выучить, чтобы ты был врагом общества и церкви».

Петр I восстановил Монастырский приказ по управлению всеми церковными и монастырскими имуществами. Это управление переходило к государству. Затем он упразднил патриаршество и ввел новый порядок управления церковью, подобный протестантской. Церковь стала управляться Духовным коллегиумом. Так патриаршество было упразднено, и государство стало управлять церковью. В последующем Петром I во главе церкви был поставлен «святейший правительственный синод». Он состоял из нескольких высших церковных иерархов. Они находились в подчинении светского чиновника, который назывался обер-прокурором. В указе Петра предписывалось: «В синод выбрать из офицеров доброго человека, кто бы имел смелость и мог управление синодского дела знать, и быть ему обер-прокурором.». Часть монастырей Петр предписал превратить в богодельни для престарелых и отставных солдат. Петр все это делал потому, что православное духовенство (и прежде всего монашество) оказывало сопротивление всему новому, что он вводил.

Екатерина II также держала духовенство в узде. Она говорила: «Ваша обязанность состоит в управлении церквами, совершении тайн, в проповедовании слова Божия, в защищении веры, в молитвах и воздержании…. Вы — преемники апостолов, которым повелел Бог внушать людям презрение к богатствам и которые были очень бедны. Царство их было не от мира сего: вы меня понимаете? Я слышала эту истину из уст ваших. Как можете вы, как дерзаете, не нарушая должности звания своего, обладать бесчисленными богатствами, иметь беспредельные владения, которые делают вас в могуществе равными царям?… Вы просвещены: вы не можете не видеть, что все эти имения похищены у государства….