В 1439 году на Флорентийском соборе была заключена уния (союз) между католиками и православными. Московский митрополит, грек Исидор, подписал это соглашение. Но по возвращении в Москву он был заключен в монастырь. С этого момента русская православная церковь освободилась от зависимости от константинопольской патриархии. Назначение митрополитов проводилось собором русского духовенства. Вскоре пала и сама Византийская империя.

Православных епископов зовут «владыками». Это отражает существо дела. Епископы были феодалами. Епископские кафедры выполняли и судебные функции. У них был огромный бюрократический аппарат: десятильщики, дворецкие, дьяки, тиуны, праветчики, волостели, приказчики и т. д.

Жестокая борьба русской церкви с ересью началась с 1504 года, когда на соборе были приняты решения о беспощадном искоренении ереси. За этим решением последовали массовые казни.

Иван Грозный добивался централизации государственной власти, за которой должна была последовать и централизация власти духовенства. Он созвал собор (Стоглавый собор). Его решения изложены в ста главах по всем вопросам жизни как церкви, так и государства.

Собор констатировал, что «попы и церковные причетчики в церкви всегда пьяны и без страха стоят, и бранятся, и всякие речи неподобные исходят из уст их, и миряне, зря на их бесчещие, гибнут, такоже творят…».

По решению собора мирянам запрещалось играть на музыкальных инструментах, брить бороды, играть в шахматы, читать книги недостаточно благочестивого содержания, устраивать и смотреть представления скоморохов. Запрещалось общаться с иностранцами, которые считались еретиками и безбожниками.

Московская патриархия была основана после Ивана Грозного, который не торопился создавать конкуренцию своей собственной власти. Патриархию создал царь Федор, царица Ирина и ее брат Борис Годунов. Вопрос решался без участия духовенства.

В 1613 году на царский престол был избран земским собором Михаил Романов. Его отец Филарет был патриархом. Филарет правил за сына, и это создало прецедент для последующих патриархов. Царь Алексей Михайлович вынужден был поставить все на свои места — светская власть возобладала. Алексею Михайловичу пришлось бороться с патриархом Никоном.

Никон представлял собой образец того высшего духовного лица, который за счет веры на короткое время нажил себе беспредельное состояние. Это был богатейший в стране после царя человек. Борьба царя с Никоном была продолжительной, но, в конце концов, он решением собора с участием православных патриархов или их представителей был лишен патриаршего сана и приговорен к ссылке в отдаленную пустынь.

При Никоне произошел раскол в русской православной церкви. Никон в первые годы своего патриаршества, когда его еще поддерживал царь, начал исправление богослужебных книг. Задача перед церковью стояла правильная — унифицировать религиозную жизнь по всей стране. Это предполагало одинаковый текст молитв, одни и те же формы магических обрядов, один и тот же чин богослужения.

Стоглавый собор ранее постановил совершать двуперстное крестное знамение, а не троеперстное. Установилось направление крестного хода посолонь (по ходу Солнца), а не противу Солнца. Кроме того, предписывалось совершать двоекратную аллилуйю, а не трехкратную. Никон же отменил эти решения и предписывал «два» заменить на «три». Но церковники отказывались исполнять указания Никона. Их стали называть старообрядцами. Никон их преследовал за непокорность. Сами изменения не стоили тех преследований, которым подвергались старообрядцы.