В отличие от них, ученым и инженерам, поселившимся в охраняемой зоне, были обеспечены привилегированные условия жизни. Они были защищены от ужасных экономических условий, в которых жила остальная разоренная войной страна. Арзамас-16, в сравнении с полуголодной Москвой, представлялся курортом. Сотрудники проекта, как вспоминал один из участников работ Лев Владимирович Альтшулер, «жили очень хорошо. <…> Ведущим сотрудникам платили очень большую по тем временам зарплату. Никакой нужды наши семьи не испытывали. И снабжение было совсем другое. Так что все материальные вопросы сразу же были сняты».

Наряду с имевшимися привилегиями работа ученых-ядерщиков проходила в обстановке строгой секретности и придирчивого контроля со стороны органов госбезопасности. Арзамас-16 был отрезан от остального мира. Зона площадью в 250 квадратных километров была окружена колючей проволокой; в первые годы было трудно получить разрешение хотя бы на время покинуть ее. Разумеется, физики могли говорить о своей работе только с теми, кто был к ней допущен, и не имели возможности публиковать какие-либо материалы о своих достижениях. Отчеты писались вручную, так как не доверяли даже машинисткам. Если всё же документы приходилось печатать, как это было, например, с техническим заданием для первой атомной бомбы, то ключевые слова вписывались в текст лично конструкторами. Вместо научных терминов в лабораторных записях использовались кодовые слова. Так, например, нейтроны назывались «нулевыми точками». При этом информация строго разграничивалась. В 1949 году, во время первого визита будущего академика Андрея Дмитриевича Сахарова в Арзамас-16, Яков Зельдович сказал ему: «Тут кругом все секретно, и чем меньше вы будете знать лишнего, тем спокойней будет для вас».

Среди занятых в проекте было множество информаторов и поощряемых доносчиков. Позднее Харитон отметил, что «везде были люди Берии». Однажды, когда Харитон приехал в Челябинск-40, он присутствовал на обеде, во время которого отмечался день рождения Курчатова. После обеда с выпивкой представитель Берии сказал Харитону: «Юлий Борисович, если бы вы только знали, сколько они донесли на вас!» И хотя он добавил: «Но я им не верю», – стало ясно, что имеется множество доносов, которые Берия мог бы пустить в дело, если бы только захотел.

Ученые вполне отдавали себе отчет в том, что ошибка будет им дорого стоить, и знали, что Берия выбрал дублеров, которые в случае неудачи займут руководящие должности. Но хотя террор и был одним из ключевых элементов стиля управления, характерного для сталинского режима, однако он не определял действия ученых. Те, кто принимал участие в работах по проекту, действительно верили, что Советский Союз нуждается в собственной бомбе для самозащиты. Они приняли брошенный советской науке вызов, на который могли ответить созданием собственной бомбы.

Виктор Борисович Адамский, работавший в теоретическом отделе Арзамаса-16 в конце 1940-х годов, вспоминал:

У всех ученых было убеждение, да оно и сейчас представляется правильным для того времени, что государству необходимо обладать атомным оружием, нельзя допускать монополии на это оружие в руках одной страны, тем более США. К сознанию выполнения важнейшего патриотического долга добавлялось чисто профессиональное удовлетворение и гордость от работы над великолепной физической и не только физической задачей. Поэтому работа шла с энтузиазмом, без учета времени, с предельной самоотдачей.

К лету 1949 года плутониевая бомба имплозивного типа РДС-1 («Изделие 501», атомный заряд «1–200») была готова к испытаниям. Ее название впервые появилось в правительственном постановлении № 2143565 сс/оп «О мерах по обеспечению развертывания работ в КБ-11» от 19 июня 1947 года, где атомная бомба была зашифрована как «реактивный двигатель С», сокращенно «РДС».