Сочинение Унгерна-старшего — труд профессионала, знакомого и с почвоведением, и с химией, что не исключает склонности автора к своеобразному романтическому прожектерству. Если сын всерьез будет вынашивать планы создания ордена рыцарей-буддистов для борьбы с революцией, идея отца хотя и скромнее, заквашена на тех же дрожжах: для пропаганды виноделия среди крымских татар предлагалось учредить «класс странствующих учителей». Этих бродячих проповедников автор изображал чуть ли не героями, предупреждая, что их миссия потребует «много самопожертвования», и «при выборе таких лиц следует поступать с крайней осмотрительностью». Конечно, крымские татары как мусульмане с понятной враждебностью относились к виноградной лозе, но стремление обставить хозяйственное предприятие конспирологической атрибутикой, облечь его в формы жертвенного служения и подвижничества все-таки не совсем типично для нормального чиновника. Зная младшего Унгерна, в отце можно угадать зародыш тех черт, которые проявятся в сыне.

В 1891 году супруги Унгерн-Штернберги развелись, пятилетний Роман и двухлетний Константин остались с матерью. Через три года она вышла замуж за барона Оскара Хойнинген-Хюне. Второй ее брак оказался более удачным, Софи Шарлотта прожила с мужем до самой своей смерти в 1907 году и родила еще одного сына и двух дочерей.

Впоследствии сложилось мнение, будто она мало уделяла внимания первенцу, который с детства был предоставлен самому себе. Если даже и так, это не отразилось на его отношениях с единоутробным братом и сестрами. Они оставались вполне родственными даже после того, как мать умерла. Однако с отчимом Унгерн сразу не поладил и не слишком уютно чувствовал себя в семье, что не могло не сказаться на его характере. С родным отцом он, похоже, никаких связей не поддерживал на протяжении всей жизни. Не осталось ни малейших следов его участия в судьбе сына.

Во время Гражданской войны рассказывали, что отец Унгерна был убит крестьянами в 1906 году, при «беспорядках» в Эстляндской губернии, и это навсегда «положило в сыне глубокую ненависть к социализму». Такого рода историями часто оправдывают тех, чью жестокость невозможно объяснить только рациональными причинами. О легендарном душегубе Сипайло, состоявшем при Унгерне в Монголии, тоже говорили, будто в ургинских застенках он мстит за свою вырезанную большевиками семью. Во всяком случае, словарь прибалтийских дворянских родов, изданный в Риге перед Второй мировой войной, датой смерти Теодора Леонгарда Рудольфа (Федора) Унгерн-Штернберга называет 1918 год, а ее местом — Петроград. Обстоятельства, при которых он погиб или умер, неизвестны.

До четырнадцати лет Роман обучался дома, в 1900 году поступил в Ревельскую Николаевскую гимназию, но через два года был исключен. «Несмотря на одаренность, — пишет его кузен Арвид Унгерн-Штернберг, — он вынужден был покинуть ее из-за плохого прилежания и многочисленных школьных проступков». Решено было, что при его характере ему больше подойдет военное учебное заведение. Отчим остановил выбор на Морском кадетском корпусе в Петербурге, куда и отдал пасынка в 1902 году (в бумагах полагалось указывать последнее место учебы, и для того, видимо, чтобы скрыть факт исключения из гимназии, перед поступлением в Морской корпус Унгерна ненадолго приписали к частному пансионату Савича). Родной отец во всех этих хлопотах никак не участвовал. Хотя в то время он жил в Петербурге, билет на право брать мальчика в отпуск был выписан на другое лицо.

Семью годами позже Унгерн аттестовался начальством как «очень хороший кадет», который «любит физические упражнения и очень хорошо работает на марсе», при этом ленив и «не особенно опрятен».