Что касается запасов обмундирования и снаряжения, то их, как упоминалось выше, почти не было. Данное обстоятельство привело в период Русско-японской войны к самым серьезным последствиям. Неожиданно выяснилось, что интендантство просто не в состоянии одеть войска все увеличивающейся действующей армии в должный срок. Это было уже из ряда вон выходящим случаем! Пришлось принимать экстренные меры. Положением Военного совета от 10 июня 1904 г. было разрешено обеспечить Маньчжурскую армию за счет вещей и материалов, поставляемых для войск Европейской России по сроку 1905 г., т. е. позаимствовать определенную их часть и отдалить до некоторой степени сроки обеспечения вещевым довольствием войск Европейской России. Однако из-за значительного увеличения численности действующей армии уже к началу ноября 1904 г. все вещи и материалы, заготовленные для войск Европейской России, были изъяты. На заседании Военного совета 11 ноября 1904 г. главный интендант Ф.Я. Ростовский доложил, что в связи с этим срочное довольствие войск Европейской России может быть обеспечено не раньше второй половины 1905 г. Он предложил выдать им вещевое довольствие деньгами, по ценам частных обмундировальных мастерских. Такая мера создавала немало проблем для войск Европейской России, поскольку если даже интендантство не могло снабдить их к нужному сроку, то для большинства воинских частей это оказалось вовсе не под силу. На данном основании Военный совет отклонил предложение главного интенданта и постановил: «<…>вещевое довольствие войск должно быть вполне обеспечено тем или иным способом, хотя бы для этого пришлось испросить в установленном порядке разрешения на временное отступление от установленных образцов обмундирования».

В дальнейшем проблема заготовки обмундирования еще более обострилась, и в конце 1904 — начале 1905 года для снабжения запасников, отправляемых на Дальний Восток, и новобранцев у ряда воинских частей Европейской России было изъято второсрочное обмундирование с выплатой взамен денежной компенсации. Иными словами, для того, чтобы одеть действующую армию, пришлось частично раздеть войска, не участвующие в войне.

Состояние интендантских запасов к концу войны представляло собой печальную картину, и, чтобы восстановить их, потребовалось немало времени. К началу 1906 г. в неприкосновенных запасах военных округов не хватало 350 тысяч комплектов обмундирования, столько же комплектов снаряжения, 350 тысяч пар сапог, 911 465 пудов муки, 1 729 489 пудов сена, 1 271 244 пудов овса и ячменя и т. д.. Если взять в процентах, то, например, в Варшавском военном округе к началу 1906 г. в неприкосновенных запасах полевых войск остались лишь 24% положенного количества мундиров, 13% шинелей, 17% шаровар, 17% фуражек, 1% хозяйственных двуколок. Госпитальных вещей, консервов, сухарей, а также большей части обозного имущества не осталось вообще. Похожая ситуация имела место и в других военных округах. (См. Приложение 4.)

Не следует думать, что все недостатки в сфере интендантского снабжения армий объяснялись только объективными причинами, за которые не несло ответственности само интендантское управление. Это далеко не так. Взаимоотношения командования действующей армии с Главным интендантским управлением в период Русско-японской войны были сложными. Управление, особенно в начале войны, крайне неохотно реагировало на запросы полевого интенданта и требовало непременно распоряжения самого А.Н. Куропаткина. Таким образом, чрезмерная погруженность главнокомандующего в решение мелких хозяйственных вопросов, которая отнимала время от оперативной работы и неоднократно ставилась ему в вину историками и военными, проистекала исключительно по вине чиновников Военного министерства. В начале войны вопросы снабжения армии нередко вызывали длительную бюрократическую переписку. Например, на просьбу выслать 30 тыс. пар сапог главный интендант Ф.Я. Ростковский запрашивал командование: «<…> для какой надобности требуются означенные сапоги» и т.