При призыве новобранцев имели место случаи прямо-таки издевательского отношения к солдату со стороны военных медиков. Так, в 1904 г. из поступившей в Главный штаб переписки выяснилось, что некоторые военно-медицинские учреждения при возвращении в полицейские управления новобранцев, находившихся на обследовании, давали им указания отправлять таких новобранцев в армию по этапу, в результате чего новобранцы помещались в места заключения и высылались далеко в составе арестантских партий.

Вместе с тем в работе Главного военно-медицинского управления наблюдались и положительные моменты. Во время Русско-японской войны управление приняло быстрые и эффективные меры для борьбы с эпидемиями заразных заболеваний.

В 1904 г. в Туркестанском военном округе появилась холера, от которой погибли 23 военнослужащих и 212 местных жителей. Незамедлительно был принят ряд энергичных мер для локализации и последующего уничтожения очагов заразы. Ввиду движения холеры из Персии были открыты врачебно-наблюдательные пункты на сухопутной границе Закаспийской области и в портах Каспийского моря. Врачебный надзор был установлен и на поездах Закаспийской железной дороги. Для усиления местного медицинского персонала управление командировало в Туркестанский военный округ 29 врачей и 50 фельдшеров.

11 ноября 1904 г. в Уральской области среди киргизов-пастухов появились первые признаки чумы. Следуя личному указанию императора «принять все меры к недопущению распространения эпидемии», ГВМУ немедленно командировало в зону эпидемии врачей-бактериологов, фельдшеров, сестер милосердия и выслало противочумную сыворотку. Кроме того, военное ведомство передало в распоряжение уральского военного губернатора 10 000 рублей на первоначальные расходы. К 26 декабря заболевания прекратились.

С 15 августа до 14 сентября 1905 г. наблюдались чумные заболевания в Маньчжурии, в русском поселке близ станции Джалейнок КВЖД, а также на станции Маньчжурия. Всего за это время заболели 15 человек и умерли 13. В район эпидемии были отправлены 18 врачей, 35 фельдшеров, 2 дезинфекционных отряда, 2 вагона с дезинфекционными камерами, лаборатория и большое количество дезинфекционных средств. Зараженные пункты были оцеплены, и установлена карантинная служба.

В результате принятых мер в конце сентября 1905 г. эпидемия прекратилась. В качестве превентивной меры, направленной против распространения в войсках заразных болезней, управление разрабатывало, печатало и высылало в армию различного рода методическую литературу, как то: «Наставление об охране здоровья войск действующей армии», «Инструкции о мероприятиях против развития и распространения заразных заболеваний в армии» и т. д.

В 1904–1905 гг. управлению пришлось позаботиться о размещении больных и раненых, прибывших с Дальнего Востока. В связи с этим в некоторых медицинских учреждениях Европейской России было увеличено число больничных мест и медицинского персонала. Клинический военный госпиталь при Военно-медицинской академии в марте 1905 г. был расширен на 200 мест, а еще 100 мест добавили путем сокращения приема гражданских больных. Эти триста мест предназначались для наиболее тяжелых пациентов, представляющих вместе с тем наибольший интерес в научно-медицинском плане. Госпитали на театре военных действий находились в ведении Медицинского управления действующей армии.

Теперь рассмотрим вопрос о снабжении действующей армии медицинским имуществом. В данном отношении дальневосточный театр военных действий оказался подготовлен не лучше, чем во всех остальных, и к началу войны там отсутствовали какие-либо запасы. Чтобы восполнить недостающее и обеспечить армию всем необходимым, ГВМУ потребовалось приложить немало усилий, хотя они, как мы увидим в дальнейшем, не могли идти ни в какое сравнение с проблемами, возникшими перед другими главками. Согласно сложившейся практике управление заготовляло предметы медицинского имущества через Завод военно-врачебных заготовлений.