После возвращения в Филадельфию Франклин почти не проявлял интереса к организованной религии и еще меньше — к посещению воскресных месс. Все же он продолжал придерживаться некоторых основных религиозных убеждений, к ним относилось «существование Бога» и утверждение, что «самое угодное Богу служение — благо, сделанное людям». Он был толерантен ко всем вероисповеданиям, в частности к тем, которые существовали для того, чтобы сделать мир лучше, и следил за тем, чтобы «избегать любых разговоров, в которых принижалось бы благоприятное мнение людей об их религии». Поскольку Франклин полагал, что все церкви полезны обществу, он платил ежегодный взнос для поддержания городского пресвитерианского священника, преподобного Джедидайи Эндрюса.

Однажды Эндрюс уговорил Франклина сходить к нему на воскресную мессу, что Франклин и делал последующие пять недель. К сожалению, он пришел к выводу, что они «не интересны и не поучительны, поскольку в них не прививались никакие моральные принципы. Целью этих месс казалось стремление сделать из нас хороших пресвитерианцев, а не хороших граждан». Во время его последнего визита чтение из Священного Писания (Послание к филиппийцам 4:8) касалось темы добродетелей. Эта тема была близка Франклину, и он надеялся, что Эндрюс подробно разъяснит ее в своей проповеди. Вместо этого священник остановился исключительно на догмах и доктринах, не предлагая никаких практических размышлений о добродетелях. Франклин «почувствовал отвращение» и возвратился к прежнему обыкновению читать по воскресеньям и писать тексты собственного сочинения.

Франклин начал освещать свои религиозные взгляды в серии очерков и писем. В них он наконец определил свое кредо, которое останется неизменным до конца его жизни: им станет добродетельная, укрепленная моральными устоями и прагматизмом индивидуальная версия деизма. В отличие от большинства абсолютных деистов он пришел к выводу: полезно (а таким образом, вероятно, и правильно) считать, что вера в Бога должна руководить нашими повседневными действиями. Но, как и у других деистов, его вера была лишена фанатического догматизма, пламенного спиритуализма, глубокого самоанализа и личной соотнесенности с Христом.

Первым из религиозных очерков стала статья «для личного пользования», написанная в ноябре 1728 года, так и называвшаяся — «Статья о вере и религиозных актах». В отличие от лондонского трактата, переполненного невнятными подражаниями аналитической философии, это произведение было простым и оригинальным. Автор начал его однозначно: «Я полагаю, есть только одно наивысшее и совершенное существо».

Это утверждение очень важно, так как некоторые истовые деисты, уклоняясь от подобных утверждений, не шли так далеко. Как однажды остроумно заметил Дидро, деист — это человек, который прожил недостаточно долго, чтобы стать атеистом. Франклин прожил очень долгую жизнь и, несмотря на подозрения Джона Адамса и других, считавших, что он был скрытым атеистом, многократно и с растущей убежденностью отстаивал свою веру в Бога.

Согласно деистской традиции, Высшее Существо — некто далекий и непричастный к нашим повседневным тяготам. «Я полагаю, было бы очень самонадеянно с моей стороны предположить, что Высшее Существо, даже в самой меньшей мере, занимается таким ничтожным созданием, как человек», — писал он. И продолжал: этот «Безграничный Отец» намного выше того, чтобы требовать от нас похвал или молитв.

Однако, как предполагал Франклин, в каждом человеке живет желание и глубокое чувство долга, заставляющие почитать личного Бога. Таким образом, он писал, что Высшее Существо способствует тому, чтобы смертные люди боготворили менее масштабных и более личных богов. Итак, Франклин соединил две составляющие: деистские взгляды на Бога как на дальнюю Первопричину и убеждения, взятые из других религий, почитающих Бога, непосредственно присутствующего в жизни.