Осенью 1925 года Н. А. Антипенко направили на учёбу в Москву — в Высшую пограничную школу ОГПУ. Через два года он получил назначение — в Среднюю Азию.

Средняя Азия была велика и, по условиям несения военной службы и проживания — место невесёлое. Необустроенность военных городков, удалённость застав от культурных центров, бездорожье, нехватка воды. «Невесело было мне, когда я ехал впервые в эту, казалось, непостижимую страну, — вспоминал генерал Н. А. Антипенко. — Каких только страстей не наговорили нам «бывалые» люди: там и басмачи, и тигры, и шакалы, и скорпионы с фалангами, гигантские ящерицы и прочая нечисть; особенно много ужасов рассказывали про каракумские пески… Пугали и тем, что трудно приноровиться к бытовому укладу местных жителей, к особенностям пограничной службы в тех условиях.

Надо сказать, что за восемь с лишним лет мне многое пришлось увидеть из того, о чём мне рассказывали. Но всё это в натуре воспринималось совсем иначе, чем на словах, не пугало, а, пожалуй, больше привлекало.

Штаб пограничного округа находился в Ташкенте. На пятый день езды по железной дороге мы прибыли в этот «город хлебный».

— Главное — постарайтесь не попасть в Каракумы, — советовал мне ещё в поезде один из попутчиков.

По его словам, самый трудный участок — это граница с Афганистаном, в зону которого входят и каракумские пески. Но случилось именно то, против чего меня так настораживали: мне вручили предписание о назначении инструктором политработы в пограничный отряд, который находился на этом участке. И это было, пожалуй, лучшим, что могло со мной случиться, если рассматривать всю жизнь до 1941 г. как школу, подготовившую к величайшему испытанию — исполнению труднейшего долга на ответственном посту в боях с нашим смертельным врагом. Здесь, в Средней Азии, на заброшенных в песках пограничных заставах мне пришлось шаг за шагом узнавать нужды войск и каждого бойца, способы их удовлетворения, знакомиться с повседневной жизнью подразделений, находившихся на военном положении и в то время, когда вся страна жила мирной жизнью. Если в ходе войны я более или менее умело выполнял сложную работу начальника тыла, то немалое значение в подготовленности к этой работе, несомненно, имела служба на среднеазиатской границе».

Что и говорить, белое солнце Каракумов не щадило никого и ничего, но в каждом русском пограничнике, которого судьба и начальство занесли сюда по служебным надобностям, оживал красноармеец Сухов, и уже не испугать его было никакими скорпионами, тиграми и песчаными бурями. Никаким врагом.

О городке Керки, где Антипенко начал свою среднеазиатскую одиссею, он писал в мемуарах почти как Лермонтов о Тамани: «Город Керки Туркменской ССР, куда я попал в марте 1927 г., произвёл на меня тягостное впечатление…» В Керках Антипенко снял угол «в комнате одного таможенного служащего». Часто бывал на заставах. Увлёкся стрельбой из винтовки и пистолета, так что вскоре в погранотряде его избрали председателем стрелковой секции спортивного общества «Динамо». С тех пор его часто командировали на заставы проверять стрелковую подготовку пограничников. Когда же погранотряд выезжал по тревоге на перехват очередной банды басмачей, прорвавшейся с территории сопредельного Афганистана, чтобы пограбить таджикские селения и колхозы, Антипенко брал с собой винтовку системы Леймана с оптическим прицелом. В бою восхищал пограничников точностью и эффективностью огня на больших дистанциях. «Бойцы видели, как при каждом моём выстреле ещё одна чалма подскакивала вверх и исчезала; возможно, поэтому они старались держаться поближе ко мне».

Часто политработнику приходилось становиться снабженцем.