Жозеф Бонапарт скоро был представлен семье, а в 1793 году в поле зрения семьи Клари вслед за Жозефом появился его младший брат — 25-летний бригадный генерал Наполеон Бонапарт, который тут же стал ухаживать за Дезире (будущий диктатор называл её первым именем — Эугения). Молва свидетельствует, что предметом обожания Жозефа на первых порах тоже была Дезире, но Наполеон якобы сказал старшему брату, что ему больше подходит Жюли. "В добром браке один должен всегда уступать другому, — сказал он Жозефу. — Ты нерешителен, Жозеф, такова и Дезире. Мы же с Жюли, в противоположность вам, знаем, чего хотим. Таким образом, тебе лучше жениться на Жюли. Что касается Дезире, то она станет моей женой". Старший брат привык повиноваться младшему и беспрекословно выполнил его рекомендацию. 1 августа 1794 года он женился на 23-летней Мари-Жюли Клари, внешне не привлекательной, всего стесняющейся, бледной и худосочной особе, но обладавшей прекрасным характером, красивой душой и многими другими добродетелями и принесшей жениху приличное приданое.

Практичная мамаша Летиция Бонапарт настолько была впечатлена богатством Клари, что посоветовала и "младшенькому" Наполеону не упускать случая и жениться на младшей сестре невестки — на 17-летней Дезире Клари. Генерал Наполеон, с взъерошенной головой, худым и жёлтым, как лимон, лицом, с небрежной одеждой даже по сравнению с Жозефом не выглядел Адонисом. Но за ним уже по пятам ходила слава героя, ему было 25 лет, а он уже был бригадным генералом, так что он в глазах мамаши Клари должен был представлять вполне приличную партию для её младшенькой. Сама же Дезире сразу и безнадёжно влюбилась в молодого генерала, а тот, не имевший никакого опыта в обращении с женским полом, как нельзя лучше подходил для романтичной и провинциальной любви.

В 1745 году Наполеон переживал самое тяжёлое время: как военный, он не был востребован Директорией, его посылали командовать армией в Вандею и подавлять мятежников, но он отказался, и Директория вычеркнула его из списка активных офицеров. Наполеон остался буквально без средств к существованию.

И тут, на самом пике своего отчаяния, будущий вершитель судеб Европы встречает свою судьбу. Она предстаёт в образе светской львицы и вдовы гильотинизированного генерала Александра Богарнэ — Жозефины Богарнэ. Эта роковая встреча в салоне директора Барраса, куда случайно попадает полуголодный Наполеон, в потрёпанной одежде и в смятенных чувствах" делает жирную точку в любовной истории с Дезире Клари. Та в отчаянии и пишет ему отчаянные письма, но… карета уже проехала мимо. Зато бригадный генерал успевает в самый последний момент прыгнуть на подножку, и теперь он неудержимо несётся к своей заветной цели.

Дезире, следуя за Жюли, вместе со всей семьёй переехала в Париж. Здесь летом 1798 года на её пути встретился ещё один генерал, её земляк Жан Поль Батист Бернадот, только что закончивший свою недолгую дипломатическую карьеру в Вене. О страстной любви между ними речи не было. А потом Дезире, кажется, влюбилась в своего жениха, а жених, ставший мужем, со временем, кажется, полюбил свою жену.

Дезире редко следовала за своим супругом по Европе: лишь после ранения его в 1807 году в Пруссии и во время ганноверского и гамбургского проконсульства она приезжала навестить его (в Гамбург вместе с сыном). Остальное время она проводила в своём парижском доме на рю д’Анжу или в имении Лягранж.

Когда Дезире после краткого визита в Швецию снова вернулась в Париж, мнительный Наполеон стал подозревать её в шпионаже, но потом, убедившись, что головка "фатальной женщины" забита нарядами, приёмами и всякой чепухой, он оставил её в покое. Позже он понял, что Дезире можно использовать в качестве канала связи со своим шведским соперником, и Дезире — худо-бедно — с этой задачей справлялась.

Живя во Франции, она не пользовалась титулами шведской принцессы или королевы, ей больше нравилось быть графиней Готландской.