У Линца Бернадот простоял до конца мая, а потом, передав позиции баварскому корпусу Лефевра, переместился на восток к Санкт-Пёльтену, где простоял до 27 июня. 6 июня 1809 года император вызвал Бернадота в замок Шёнбрунн (Вена) и обласкал его. Наполеон находился в прекрасном настроении — с ним находилась Мария Валевская! Император сочувственно отнёсся к положению 9-го корпуса и предложил реорганизовать его по французскому уставу. Саксонцев свели в усиленные батальоны, избавились от непригодных старых и больных солдат и офицеров, отправив их домой, а для усиления корпуса придали изрядно потрёпанную французскую дивизию генерала Дюпа, которую Бернадот усилил тремя саксонскими батальонами.

В середине июня австрийская армия вторглась в беззащитную Саксонию, и это самым тяжёлым образом сказалось на настроениях и боевом духе саксонцев в 9-м корпусе. В то время как они без дела стояли на Дунае, их страна подверглась грабежам и насилию. Бернадот предложил передислоцировать корпус в Саксонию, но Наполеон попросил его подождать до решающих событий.

Решающее событие произошло 5–6 июля под деревней Ваграм. В жизни маршала оно тоже сыграло немалую роль, а потому остановимся на нём более подробно. Согласно полученной от Бертье диспозиции, 9-й корпус 4 июля должен был выдвинуться в район укреплённого французами в рукаве Дуная о-ва Лёбау. Вечером того же дня Бернадот вместе со всей французской армией стал переправляться с Лёбау на северный берег реки, оставив на острове два своих батальона. Это было первое ослабление корпуса, но далеко не последнее. Переправа осуществлялась по нескольким понтонным мостам, построенным по проекту самого императора, продемонстрировавшему, как пишет Хёйер, высокое инженерное искусство и полководческую основательность автора.

Утром 5 июля 9-й корпус, оставив на острове половину артиллерии, завершил переправу и вместе с Итальянской армией занял позиции во второй линии за корпусами Массена, Удино (1767–1847) и Даву. Когда войска стали двигаться по равнине и веером расходиться в стороны, корпус Бернадота оказался впереди корпуса Массена, образовавшего левый фланг всей армии. В образовавшийся между Удино и Бернадо-том промежуток вошли Итальянская армия короля Евгения и корпус Макдональда. В распоряжении Бернадота осталось 12 батальонов, а у Дюпа — 7, но Дюпа так и не появился — его дивизию Наполеон передал на другой участок. Из 20 эскадронов кавалерии в 9-м корпусе осталось 16 — 4 были переданы Удино. Напомним, что саксонские дивизии только что были переформированы и в таком составе в бой шли первый раз.

Эрцгерцог Карл построил свои боевые порядки недалеко от Дуная у деревни Ваграм, прикрывшись естественным водным препятствием — каналом Руссбах. Наполеон оставил Массена против правого австрийского фланга, на котором у них было тройное превосходство, зато против левого фланга Наполеон сосредоточил все остальные силы. 9-й корпус оказался напротив Ваграма прямо у стыка двух австрийских группировок, что предвещало жаркие схватки (Хёйер называет этот участок самым важным в сражении).

На подходе к Ваграму саксонцы прогнали австрийский заслон в деревне Раасдорф и продолжили марш в северо-западном направлении к деревне Адерклаа. Именно в этот момент дивизия Дюпа по распоряжению императора ушла на север к Руссбаху. С левого фланга на корпус напала австрийская кавалерия, но французы под командой Жерара повернули её вспять. К семи часам вечера в расположении корпуса неожиданно появился адъютант Наполеона и будущий министр полиции генерал Савари и объявил, что император принял решение покончить с противником уже сейчас, в связи с чем корпуса Евгения и Удино атакуют левый фланг эрцгерцога Карла, а Бернадот должен был поддержать наступление взятием Ваграма.