Бернадот взял с ходу Ваграм, но продержаться там долго не смог. Противник подтянул к Ваграму дополнительные дивизии, и саксонцам пришлось отступить. Потом атака повторилась, и Ваграм был взят Бернадотом во второй раз, но противник снова навалился на него превосходящими силами, и Бернадот снова отступил — как отступили с большими потерями находившиеся справа от него части Удино, Макдональда и дивизия Дюпа. К 23.00 корпус отступил к Адерклаа и на рассвете 6 июля с трудом восстановил свои порядки.

Бернадот и его подчинённые находились в подавленном состоянии. Наполеон бросил саксонцев в самое пекло, нисколько не учитывая их состояние и численность. Он видел в этом доказательство очередной интриги Бертье, который снова молчал, а между тем потрёпанный 9-й корпус, потерявший около половины своего состава, находился на опасном острие, образуемом позицией корпуса Массена, обращённой на запад, и позициями Удино, Евгения и Даву, обращёнными на север, и в любой момент мог подвергнуться атаке противника. Соседи Массена и Евгений находились от него на расстоянии 4 км. Под влиянием всех этих чувств и опасений маршал к утру отдал приказ уйти из Адерклаа и занять позиции в 1,5 километрах к востоку от деревни.

Маршальский жезл Ж.-Б. Бернадота

Утром 6 июля эрцгерцог Карл принял решение направить удар почти всех своих сил против левого фланга французов, т. е. против Массена и Бернадота. Австрийцы быстро заняли Адерклаа и нанесли по 9-му корпусу тяжёлый удар. К половине восьмого утра у Адерклаа с основными своими силами появился Массена. Вместе с Бернадотом он попытался вернуть деревню, но силы были слишком неравными, и атака захлебнулась. В этот критический момент на левом фланге появился Наполеон, и между ним и Бернадотом произошёл горячий разговор. Появился наконец Дюпа, но от его дивизии осталось всего 700 человек. Бернадот попытался на месте выяснить, кому он был обязан потерей целой дивизии в самый критический момент боя, но ни Дюпа, ни Наполеон не могли сказать на этот счёт ничего определённого. (Позже выяснилось, что почти всю дивизию Дюпа "увели" адъютанты Бертье.)

О дальнейшей роли 9-го корпуса в битве под Ваграмом ясности не существует. Судя по всему, пишет Хёйер, он был отведен в ближайший тыл к деревне Раасдорф и отражал атаки противника на линии, принадлежавшей Массена, а его позиции у Адерклаа занял Макдональд.

К вечеру, когда кровавое побоище закончилось победой французов, корпус находился в дер. Леопольдау. Хёйер пишет, что Наполеон, не обвиняя прямо Бернадота в неудачном участии 9-го корпуса в Ваграмском сражении, тем не менее дал волю своему неудовольствию его слабым вкладом в победу.

8 июля Бернадот, огорчённый неудачным участием саксонцев в Ваграмском сражении, издал приказ, в котором в высокопарных и не совсем точных выражениях похвалил саксонцев за их вклад в общую победу и за храбрость в боях 5 и 6 июля. Это был как бы ответ на все несправедливости и унижения, которые он, как командующий корпусом, претерпел за последние дни от императора и начальника Генштаба. Перед саксонскими генералами маршал выразил пожелание, чтобы приказ был опубликован в газетах, что они с удовольствием сделали.

Реакция Наполеона последовала не сразу. 9 июля Бернадот занимался участью многочисленных раненых в корпусе, а на следующий день от Бертье пришло уведомление о том, что 9-й корпус подлежит расформированию. Остатки корпуса формировались в дивизию, которая при командире Рейнье поступала в распоряжение короля Италии Евгения. Это был настоящий удар по самолюбию и Бернадота, и его саксонских подчинённых. Хёйер пишет, что роспуску корпуса предшествовала подача его командующим рапорта об отставке, но сам Бернадот в своих мемуарах пишет на этот счёт весьма невнятно. Скорее всего, заключает историк, решение императора по этому поводу было для него полной неожиданностью.