На 29 января 1996 года ВМС Украины приняли у Черноморского флота 111 объектов из 130 запланированных к передаче. ЧФ уменьшился на 786 частей. К этому времени на 1-го февраля 1996 года Украине было передано 25,7% корабельного состава, хотя Сочинским соглашением предусматривалось передать 18,3%. Были переданы все объекты флота в Одессе, Очакове, Балаклаве, Веселом и Евпатории. Завершалась передача Мирного, Керчи, Новоозерного и объектов Симферополя.

А к 10 февраля 1996 года Украиной в одностороннем порядке захвачено, а часть ей передано: 12 из 15 основных и запасных аэродромов (73,6%); 467 летательных аппаратов (75%); бронетанковой техники 450 ед. (69%); 260 артиллерийских систем (81%).

19 февраля 1996 года начался второй этап раздела Черноморского флота. В Севастополе и Феодосии ВМСУ передавалось 30 кораблей и судов, 79 объектов различного назначения. В нарушение Сочинских договоренностей, ВМСУ решили самостоятельно базировать свои силы в Стрелецкой, Карантинной и Северной бухтах Севастополя. Принцип раздельного базирования (о котором обе стороны, казалось бы, договороились) был предан украинскими флотоводцами забвению. Совместное базирование сил несоюзных флотов полностью нарушило систему обороны базы и организацию поддержания оперативного режима.

По состоянию на 22 мая 1996 года украинской стороне отошло: 7 из 10 пунктов базирования корабельного состава (70%): Измаил, Одесса, Очаков, Черноморское, Новоозерное, Балаклава, Керчь. Украина получила 4 из 6 основных аэродромов (67%): Лиманское, Веселое, Октябрьское, Мирный. Кроме этого ей отошло и 5 из 7 запасных аэродромов (71%): Геническ, Сокологорное, Большой Токмак, Воинка, Сизовка. Отшли к Киеву и 4 из 5 мест дислокации береговых войск (80%): Симферополь, Евпатория, Перевальное, Межгорье. В дополнение к объектам, взятым Украиной в одностороннем порядке, ей были переданы объекты боевого, тылового и технического обеспечения. Вот их география: Бахчисарай, Старый Крым, Пресноводное, Наумовка, Машино, Дальнее, Мельничное, станция Пролетное, Песчаное, Ново-Андреевка и Ивановка.

В составе Черноморского флота Российской Федерации осталось: три пункта базирования кораблей: Севастополь, Феодосия и временно, до окончания ремонта кораблей, Николаев; два основных аэродрома: Гвардейское, Кача; одно место дислокации береговых войск в Севастополе; основная военно-морская база в Севастополе; пункт базирования корабельного состава и испытательный центр в Феодосии; объекты тылового и технического обеспечения в Ялте, Прибрежном Судакского района, на станции Мамут.

На момент раздела в составе Черноморского флота числилось 383 боевых надводных кораблей, 56 боевых катеров, 49 кораблей специального назначения, 190 судов обеспечения, 5 подводных лодок (всего 655 единиц). Из них Украина получила 30 боевых кораблей и катеров, одну подводную лодку, 90 боевых самолетов, 6 кораблей специального назначения, а также 28 судов обеспечения.

Документ предусматривал, что российская сторона, начиная с 1998 года, будет ежегодно производить начисление сумм платежей. Начисление должно было производиться за использование Черноморским флотом РФ земельных участков и размещенных на них объектов, акватории бухт, радиочастотного ресурса, а также в качестве возмещения экологического ущерба, связанного с пребыванием флота на территории Украины, путем уменьшения равными долями государственного долга Украины перед РФ. Сумма этой ежегодно погашаемой части государственного долга Украины, согласно соглашению, составляет 97,75 миллионов долларов США. Кроме того, согласно этому документу, Россия уменьшала сумму госдолга Украины на 200 миллионов долларов в качестве компенсации за расщепляющиеся материалы.

При этом Россия могла держать на Украине не более 25 тысяч человек личного состава, 24-х артиллерийских систем калибра более 100-мм, 132 бронемашин, 22 самолетов.