Фараон не только объявил солнечный диск единственным символом бога, но и сменил имя Аменхотеп — прославлявшее бога Амона — на Эхнатон, которое означало «слава», или «дух», Атона. Он также перевел столицу из города Фивы на новое место, расположенное в 277 километрах ниже по течению Нила, известное в настоящее время как Тель-эль-Амарна. Здесь он построил прекрасные дворцы, огромные административные центры и открытые храмы Солнца, не имеющие аналогов во всем Египте. Новый город получил название Ахетатон, что переводится как «горизонт Атона», и в осуществлении этого дерзкого проекта к фараону присоединились чиновники, жрецы, скульпторы, архитекторы, художники, строители и преданные сторонники со всех концов страны.

Проводившиеся в Амарне интенсивные раскопки заставили многих ученых смотреть на Эхнатона как на величайшего художника, поэта, мистика и философа. Вне всякого сомнения, он не был похож ни на одного фараона, правившего Египтом. Художники изобразили его самого и его семью в естественных позах, что резко контрастировало с торжественным и воинственным искусством, безраздельно властвовавшим на протяжении предыдущих 1700 лет. В бытовых сценках мы видим Эхнатона и его знаменитую супругу царицу Нефертити, отдыхающих в обществе шести своих дочерей. Эхнатон также изменил весь стиль своих изображений на барельефах и статуях. Фараон (и его ближайшие родственники, хотя и в меньшей степени) теперь представал перед зрителем с увеличенным черепом, удлиненными чертами лица и непропорционально большими губами. Увеличенными также были бедра и груди женщин. Существует множество гипотез, объясняющих причину такого выбора. Некоторые ученые предполагают, что фараон страдал каким-то заболеванием эндокринной системы, обусловленным постоянными близкородственными браками. Такая болезнь могла привести к различным аномалиям внешности — например, укрупненным чертам лица. Против этой версии говорит тот факт, что ни один из симптомов болезни не был обнаружен у мумифицированных останков людей, которые, как полагают, относятся к ближайшим родственникам Эхнатона.

Эхнатон правил всего 17 лет, и 12 или 13 из них он провел в городе своей мечты, Тель-эль-Амарне, прежде чем навсегда исчезнуть из анналов истории. Предполагается, что он умер от чумы, которая свирепствовала в Египте и на Ближнем Востоке во вторую половину его царствования. На несколько месяцев Эхнатона сменила загадочная личность по имени Сменхкара, соправитель фараона в последние два года его правления. После безвременной кончины Сменхкары, умершего в молодом возрасте, египетский трон унаследовал фараон-мальчик Тутунхатон, который под влиянием жрецов Амона из Фив сменил свое имя на Тутанхамон. Степень родства между этими тремя правителями Египта так и осталась невыясненной, хотя вполне вероятно, что Сменхкара и Тутанхамон приходились друг другу братьями, а их отцом был отец Эхнатона Аменхотеп III, который вполне мог играть роль соправителя вплоть до одиннадцатого года царствования своего сына.

Юный Тутанхамон занимал престол всего девять лет, а после его смерти в 18-летнем возрасте власть перешла сначала к старому визирю Эхнатона Эйе, а затем к военачальнику Тутанхамона Хоремхебу. Он немедленно принялся уничтожать все следы правления не только Эхнатона, но и других так называемых фараонов Амарны — Сменхкара, Тутанхамона и Эйе. Хоремхеб запретил упоминать их имена, а период правления Эхнатона стали называть просто временем «мятежа», «бунта» и «преступника из Ахетатона».

Хоремхеб постарался уничтожить абсолютно все, что был связано с правителями Амарны и их отвергнутой новой религией. Он разрушил их храмы, сбросил их статуи, уничтожил их барельефы и стер их надписи. Более того, усыпальницы семьи Эхнатона и его придворных, построенные среди скал на окраине города, систематически разорялись и грабились, а находившиеся в них священные мумии были осквернены и брошены под палящее солнце пустыни.