Председателем государственной комиссии по организации похорон первого президента страны Путин назначил руководителя своей администрации Сергея Собянина. Он организовал первые государственные похороны в новой России. В последний раз главу государства хоронили в Москве в марте 1985 года, когда скончался председатель президиума Верховного Совета и генеральный секретарь ЦК КПСС Константин Устинович Черненко. По православному канону в последний раз отпевали почившего в бозе императора Александра III в 1894 году. И в послании Патриарха Московского и всея Руси Алексия II говорилось: «Впервые за сто с лишним лет мы прощаемся с главой Государства Российского в храме, прощаемся с молитвой».

Представитель Русской православной церкви — отец Михаил Дудко, секретарь отдела внешних церковных связей, — заявил:

— Период правления Ельцина совпал с открытием новых перспектив для церкви. Ей передавались отобранные ранее храмы, монастыри, появились возможности для проповеди в средствах массовой информации, на телевидении умножились религиозные сюжеты. И уже за одно это, за возможность проповедовать об истине христианства перед светским миром нельзя не быть благодарным. Он не был религиозным человеком в том полном смысле, который церковные люди вкладывают в это понятие. Но он никогда не объявлял себя противником церкви.

Ельцин каждый год поздравлял патриарха с днем рождения, приезжал к нему в резиденцию в Чистом переулке, как всегда, с пирогом от Наины Иосифовны. Патриарх говорил, что ему нравятся ее пироги.

Гроб с телом Ельцина доставили в храм Христа Спасителя. Всю ночь семинаристы Сретенской и Николо-Перервенской семинарий читали над ним Псалтырь. Утром викарий патриарха архиепископ Истринский Арсений отслужил заупокойную литургию.

Церемония прощания с Ельциным в храме Христа Спасителя началась во вторник, в половине пятого вечера. Гроб стоял в центре зала, почетный караул нес президентский полк. На двух скамейках сидела семья — на первой Наина Иосифовна с дочками и зятьями, на второй внуки.

Выстроилась большая очередь — от набережной. К середине ночи желающих попрощаться было больше всего. К утру поток спал. Цветы раскупали с невероятной скоростью. Попрощаться с Ельциным, по данным милиции, успели двадцать пять тысяч человек. Люди проходили мимо гроба, накрытого российским флагом, кланялись и оставляли цветы. Многие, кто побывал в храме Христа Спасителя, отмечали, сколько в этом нескончаемом потоке было хороших, открытых молодых лиц.

В среду в половине первого прекратили пускать в храм. Выставили кордоны из солдат внутренних войск. Появились почетные гости. Ближе к двум часам приехал президент Путин с женой. В храм прибыли все высшие чиновники государства и многочисленные иностранные гости, среди которых выделялись два бывших президента Соединенных Штатов — Джордж Буш-старший и Билл Клинтон.

Отпевание совершил старейший член Священного синода митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий. Патриарх Алексий II отсутствовал, потому что лечился в Швейцарии. Заупокойную литию на Новодевичьем кладбище совершил архиепископ Арсений.

Отпевание завершилось около четырех дня. Гроб вынесли и поставили в черный катафалк. С эскортом мотоциклистов его провезли по Волхонке и набережной и доставили в Новодевичий монастырь. Владимир Путин шел за гробом пешком. Здесь гроб переставили на пушечный лафет, который тащил бронетранспортер. Первому президенту были оказаны все воинские почести как бывшему Верховному главнокомандующему.

Место для могилы на Новодевичьем кладбище заранее выбрали дочь президента Татьяна Дьяченко и его зять Валентин Юмашев. Московский мэр Юрий Лужков сказал дочери Ельцина:

— Таня, как ты скажешь, так и будет.