Бывший боярский слуга и расстрига Отрепьев, оказавшись на гребне народного движения, попытался сыграть роль казацкого атамана и народного вождя, но подлинные интересы народа были ему глубоко чужды. В основе повсеместных выступлений против Годунова лежал стихийный протест угнетенных масс, которые, однако, не могли выдвинуть вождей и осмыслить задачи. Именно это и позволило авантюристу, явившемуся в подходящий момент, воспользоваться движением в корыстных целях.

Покинутый большей частью наемников, Отрепьев спешно формировал армию из непрерывно стекавшихся к нему казаков, стрельцов и посадских людей. По словам очевидцев, Якова Маржарета, самозванец стал вооружать крестьян и включил их в свое войско. Войско Лжедмитрия было тем не менее наголову разбито царскими воеводами в битве под Добрыничами 21 января 1605 г. При энергичном преследовании воеводы могли бы захватить самозванца или изгнать его из пределов страны, но они медлили и топтались на месте. Бояре не предали Бориса, но им пришлось действовать среди враждебного населения, восставшего против крепостнического государства. Несмотря на поражение Лжедмитрия, его власть вскоре признали многие южные крепости. Казачьи отряды грозили коммуникациям царской армии. Полки были утомлены длительной кампанией, и дворяне самовольно разъезжались по домам. В течение почти полугода воеводы не сумели взять Кромы, в которых засел атаман Корела с донцами. Под обгорелыми стенами этой крепости, по образному выражению С. Ф. Платонова, решилась судьба династии.

Наблюдая множившиеся признаки недовольства подданных, царь желал знать их тайные помыслы, власти натравливали холопов и кабальных людей на господ, чтобы проникнуть за прочные стены феодальных усадеб. Иван Грозный кончил тем, что издал особый указ против холопских доносов на господ. Борис стал возводить доносчиков-холопов в дворянское достоинство и жаловал их поместьями. О награждении доносчиков власти объявляли публично на площади перед Челобитным приказом. После смерти Бориса Лжедмитрий издал особый указ о конфискации поместий у новых дворян холопского происхождения, в большом числе появившихся при Годунове. По словам современников, от холопских доносов в царстве началась «великая смута».

Однако главной причиной «смуты» был, конечно, крепостнический курс правящих верхов. Борис вынужден был расплачиваться за свою политику. Он видел кругом смятение умов, измену. Агитация в пользу «доброго» царя распространялась повсюду словно поветрие. Бессилие порождало жестокость.

После расправы с вождем повстанцев Хлопком в 1603 г. пытки и казни превратились в повседневное явление. Восставшие холопы, посадские люди, крестьяне не могли рассчитывать на снисхождение. Крепостническое государство старалось виселицами оградить себя от народного гнева. В наиболее жестоких формах террор применялся в отношении низов, а не дворянства. Власти вполне оценили опасность, когда в лагере самозванца появились комарицкие мужики-повстанцы. В наказание за «воровство» Комарицкая волость была подвергнута неслыханно жестокому погрому. Мужчин вешали за ноги, жгли и расстреливали из луков, женщин и детей топили, оставшихся в живых продавали в холопство.

Тайное сыскное ведомство теперь возглавлял наследовавший Дмитрию Ивановичу Годунову Семен Годунов. Он усовершенствовал систему сыска в стране (иноземцы не слишком преувеличивали, говоря, что к каждому московиту приставлено по нескольку соглядатаев).

Прежде деятельный и энергичный, Борис в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он почти не покидал дворец, перестал принимать прошения и жалобы. Круг лиц, всю жизнь поддерживавших его своими советами и помощью, стремительно сужался. Царя все больше одолевала болезнь. Физические и умственные силы его быстро угасали. Будучи подвержен суевериям, правитель давно питал склонность к чернокнижию.