Присяга Федору Годунову прошла в Москве без затруднений. Казна раздала населению громадные суммы на помин души Бориса, на самом же деле — чтобы успокоить столичное население. Несмотря на это, волнения нарастали день ото дня. Знать спешила использовать междуцарствие, чтобы избавиться от неугодной ей династии. Вызванный из армии Федор Мстиславский вел себя столь двусмысленно, что Семен Годунов отдал приказ о его тайной казни, который, однако, не был исполнен. Лишившись поддержки дворянского ополчения, Годуновы утратили контроль над положением в столице. Боярская дума и народ добились указа об общей амнистии. В столицу вернулись многие опальные, которых Борис держал в ссылке. Самым опасным из них был Богдан Бельский.

Между тем Лжедмитрий медленно продвигался к Москве, посылая вперед гонцов с письмами к столичному населению. Когда разнесся слух о приближении «истинного» царя, Москва «загудела как пчелиный улей»: кто спешил домой за оружием, кто готовился встречать «сына» Грозного. Федор Годунов, его мать и верные им бояре, «полумертвые от страха, затворились в Кремле» и усилили стражу. Военные меры имели своей целью «обуздать народ», ибо, по словам очевидцев, «в Москве более страшились жителей, нежели неприятеля или сторонников Димитрия».

1 июня посланцы Лжедмитрия Гаврила Пушкин и Наум Плещеев прибыли в Красное село, богатое торговое место в окрестностях столицы. Их появление послужило толчком к давно назревавшему восстанию. Красносельцы двинулись в столицу, где к ним присоединились москвичи. Толпа смела стражу, проникла в Китай-город и заполнила Красную площадь. Годуновы выслали против толпы стрельцов, но они оказались бессильны справиться с народом. С Лобного места Гаврила Пушкин прочитал «прелестные грамоты» самозванца с обещанием многих милостей всему столичному населению — от бояр до «черных людей».

Годуновы могли засесть в Кремле «в осаде», что не раз спасало Бориса. Но их противники позаботились о том, чтобы крепостные ворота не были заперты. Вышедшие к народу бояре одни открыто, а другие тайно агитировали против Федора Борисовича. Бывший опекун Дмитрия, Богдан Бельский, использовал момент, чтобы свести давние счеты с Борисом. Он всенародно поклялся, что сам спас сына Грозного, и его слова положили конец колебаниям толпы. Народ ворвался в Кремль и принялся громить дворы Годуновых. Восстание дало выход недовольству низов. Посадские люди разнесли дворы многих состоятельных людей и торговцев, нажившихся на голоде.

Водворившись в Кремле, Богдан Бельский пытался править именем Дмитрия. Но самозванцу он казался слишком опасной фигурой. Свергнутая царица была сестрой Бельского, и Отрепьев не мог поручить ему казнь борисовой семьи. Бельский вынужден был уступить место боярину Василию Голицыну, присланному в Москву самозванцем.

Лжедмитрий медлил и откладывал въезд в Москву до той поры, пока не убрал все препятствия со своего пути. Его посланцы арестовали патриарха Иова и с позором сослали его в монастырь. Московское восстание показало воочию ничтожество ставленника Бориса и лишило его всякого авторитета. Иова устранили не только за преданность Годуновым. Отрепьева страшило другое. В бытность дьяконом самозванец служил патриарху и был хорошо ему известен. После низложения Иова князь Василий Голицын со стрельцами явился на подворье к Годуновым и велел задушить царевича Федора Борисовича и его мать. Бояре не оставили в покое прах Бориса. Они извлекли его труп из Архангельского собора и закопали вместе с останками жены и сына на заброшенном кладбище за городом.

В правление Бориса Годунова в судьбах России произошел крутой перелом. Фактический преемник Грозного Годунов расширил и упрочил дворянские привилегии. В стране утвердилось крепостное право. Законы против Юрьева дня доставили Борису поддержку феодальных землевладельцев.