Андрей Щелкалов поочерёдно возглавлял приказы: Разрядный, Поместный, Казанского Дворца. Борис Годунов, считая Андрея Щелкалова необходимым для управления государством, был очень расположен к дьяку, стоявшему во главе всех прочих дьяков в целой стране. Во всех областях и городах ничего не делалось без его ведома и желания. Борис Годунов, ценя Щелкалова за ум, ловкость дипломатическую, позже подвергнул его опале за «самовольство»: Андрей Яковлевич и его брат Василий «искажали росписи родословных людей и влияли на местнический распорядок, составляя списки административных назначений». Иными словами, обвинялись в самоуправстве и неправомочном использовании казённых средств. В 1594 году Андрей Щелкалов потерял все свои посты и отошёл от дел.

Его брат Василий, будучи младше Андрея на двенадцать лет, начал свою служебную карьеру дьяком Разбойного приказа, а в 1577 году возглавил влиятельный Разрядный приказ и оставался на этой должности до 1595 года, а затем возглавил Посольский приказ. В 1601 году потерял все посты и оказался в опале. Лжедмитрий оказал опальному Василию Щелкалову «великую милость»: вернул из изгнания и наградил чином окольничего. В этом решении нельзя разглядеть признака личной благодарности: самозванец всех, подвергавшихся преследованиям при Борисе Годунове, чествовал и возвышал. Если бы здравствующий Василий — брат Андрей уже преставился — был бы действительно «спасителем», то Щелкаловых надо было чествовать как родственников, а не только отмечать как служащих, пострадавших от Бориса Годунова.

Теория об участии Щелкаловых в деле «подмены» и спасения «истинного царевича» кажется фантастической. Так называемая «подмена» могла произойти в промежутке между 1584и1591 годами. Здесь возникает несколько контраргументов, которые невозможно фактурно опровергнуть. Во-первых, Щелкаловы, и особенно старший Андрей, в это время верные союзники Годунова. С какой стати им надо было ставить под удар карьеру и собственную жизнью, чтобы играть в пользу Нагих.

Во-вторых, чтобы «спасать» Дмитрия, надо было знать или хотя бы догадываться о подобном умышлении Бориса Годунова. Никогда и нигде подобное намерение не было зафиксировано; все утверждения об этом носят исключительно публицистический характер и предметного значения не имеют.

И наконец, в-третьих: если даже и допустить, что «истинный царевич » спасался месяцы или годы — тут нет ясности никакой — где-то в поместье или в московском доме у Щелкаловых, то ведь надо представлять общественные условия эпохи, чтобы исключить подобную возможность полностью. Никакое «дитя » не могло бы бесследно существовать ни у какого должностного лица; система государственного контроля и взаимного «пригляда» была так хорошо поставлена, что об этот вскоре неизбежно стало бы известно...

Летом 1604 года дело о «спасшемся» сыне Иоанна Грозного начало приобретать скандальный оборот, получило европейский резонанс. В июле в Москву прибыл посол Императора Священной Римской Империи, а проще говоря — Австрийского императора Рудольфа П (1552–1612, Император с 1576 года) барон Генрих фон Логау, которого сопровождала блестящая свита из почти ста человек. Суть миссии сводилась к возможности установления союза с Россией и получения от неё помощи в борьбе с турками и поляками. Высокий посланец пребывал в Москве с 1 июля по 29 августа 1604 года, но ничего не добился. Русский Царь и его ближайшие советники совершенно не собирались воевать за чужие интересы, да ещё и в союзе с «проклятыми латынами». В данном случае это не суть важно.

Интересно другое: на одной из аудиенций Логау призвал Монарха быть «предусмотрительными и осторожным», так как в Польше объявился некий человек, выдающий себя за сына Царя Иоанна, который нашёл в Польше «немало приверженцев ».