Духовный смысл происходивших тогда на Руси событий объяснил Митрополит Петербургский и Ладожский Иоанн: «Клятвопреступление стало фактом. Народ, ещё недавно столь настойчиво звавший Бориса на Царство, присягавший ему как богоданному государю, попрал обеты верности, отринул законного наследника престола, попустил его злодейское убийство и воцарил над собой самозванца и вероотступника, душой и телом предавшегося давним врагам России. Вот где таится подлинная причина Смуты, как бы ни казалось это странным отравленному неверием и рационализмом современному уму. Совершилось преступление против закона Божиего, которое и повлекло дальнейшие гибельные последствия всеобщего разора и мятежа »^^.

До сих пор прах Годуновых — двух Царей и Царицы Марии — покоится не в царской усыпальнице — соборе Архистратига Михаила (Архангельском соборе) Московского Кремля, а во дворе Троице-Сергиевой лавры, рядом с Успенским собором. В годы советской власти, после того как лавра по решению богоборческих властей была в 1919 году закрыта, усыпальницу Годуновых осквернили. При её «официальном» вскрытии в 1945 году выяснилось, что сохранились только обрывки облачений, погребальных саванов и груда перемешанных костей; царские же черепа вообще отсутствовали.^^

Хотя Борис Годунов был погребен со всеми почестями, «по царскому чину», в Архангельском соборе, но в июне 1605 года, после утверждения у власти самозванца, его гроб был извлечен из могилы и перенесён на кладбище женского Варсонофьевского монастыря. Там же погребли в простых гробах Царя Фёдора II и его мать — Царицу Марию Григорьевну. Хоронили без отпевания, как безродных и бездомных.

Эта обитель, упразднённая ещё в 1765 году, располагалась между Большой Лубянкой и Рождественкой в Москве. Монастырь был основан в самом начале XVI века, а кладбище при нём стало последним земным пристанищем для нищих и насильственно убиенных безродных. Погребение здесь для москвичей считалось позорным. Именно сюда Лжедмитрий I и распорядился поместить останки ненавистных Годуновых. Это была бесовская месть живых мёртвым. Примечательно, что история не сохранила свидетельств того, чтобы кто-то из знатных бояр, входивших в близкое окружение самозванца и считавших себя «православными», протестовал против данного кощунственного действия.

Лишь когда с Лжедмитрием было покончено, а у власти утвердился главный боярский интриган Василий Иванович Шуйский (1552–1612, Царь 1606–1610), то он отдал распоряжение о перезахоронении Годуновых в Троице-Сергиевом монастыре, что и произошло в сентябре 1606 года. Там же в 1622 году была похоронена и несчастная дочь Бориса Годунова Цесаревна Ксения (1581–1622), которой пришлось стать на время наложницей Лжедмитрия, который потом и отправил её в Княгининский монастырь во Владимире,^^ где она приняла постриг с именем Ольги.

В Архангельский собор прах Бориса Годунова так и не вернули. По горькой иронии истории клеветник, лицемер и клятвопреступник Василий Шуйский погребён в царской усыпальнице, а бренные останки двух легитимных Царей — Бориса и Фёдора Годуновых — покоятся далеко за её пределами.

Поразительно, насколько современники безразлично относились к судьбе останков Царя Бориса и Царя Фёдора. Не было ни протестов, ни плача, ни возмущения. Толпы москвичей пришли на Красную площадь в июне 1605 года созерцать выставленные напоказ тела удушенных Фёдора и Марии, тысячи созерцали процессию унизительного перезахоронения Царя Бориса в Варсонофьевском монастыре; не наблюдалось никакого возмущения, никакой горести, а одно только праздное любопытство. И всё это происходило в православной стране! Многие боярские родовые кланы не любили и даже ненавидели Годуновых до такой степени, что, как признавался В.