Сюжет, по которому Пастернак терпеливо и увлеченно ткал перипетии романа, был в ту пору иногда слишком прямолинеен, зато идеально соответствовал излюбленным этим автором размышлениям о судьбе человека, главной составляющей природы. Если о Ларе 1905 года ему нравилось думать лишь как о пугливом подростке, девочке, подчиняющейся прихотям любовника ее матери, Комаровского, бессовестного человека, игравшего роль «защитника» семьи Гишаров, мысли его текли в этом направлении только потому, что благодаря ей, Ларе, Юрий Живаго смог приобщиться к темным сторонам бытия, прежде от него ускользавшим. Лара вышла замуж за учителя Антипова, сама была учительницей, но, когда разразилась война и муж ушел на фронт, стала сестрой милосердия в военном госпитале. Именно здесь она встретила раненого Юрия Живаго — Лара выхаживала его, и ее заботы растревожили их обоих. Юрий Живаго тоже не был свободен и поначалу думал только о том, чтобы, выздоровев, вернуться к домашнему очагу. Революция мешала его намерениям осуществиться, но революция же и переполняла его надеждами.

Как бы там ни было, ему удалось вырваться из-под власти очарования Лары и воссоединиться с семьей в снежном одиночестве их поместья Варыкино на подступах к Уралу. Но, думая, что здесь-то удастся избежать подстерегающей его судьбы, Юрий вновь встречает Лару, которая приехала в родные края после тщетных поисков мужа, который, вдалеке от нее, сражается на братоубийственной войне между «красными» и «белыми». Когда Живаго пытается наладить свою жизнь с Ларой в ее новом обиталище, его берут в плен партизаны — приверженцы существующего режима, воюющие под командованием адмирала Колчака. Они довольны тем, что заполучили медика. Юрию все-таки удается бежать из лагеря, куда его поместили, и он спешит в Варыкино, чтобы в деревенской тишине, в деревенском покое забыть о тревогах и страданиях последних дней. А оказавшись с Ларой в белой пустыне, Живаго узнает, что члены его семьи, стремясь избежать революционных бурь и потрясений, покинули Россию, и внезапно ощущает свободу: никто больше не держит его на привязи, — но одновременно чувствует себя беспомощным, безоружным перед грядущими испытаниями. Лара сравнивает их жизнь среди лишений с жизнью Адама и Евы, которым «нечем было прикрыться в начале мира». Она говорит: «…мы дышим, и любим, и плачем, и держимся друг за друга и друг к другу льнем».

Их ждет новый удар: в Варыкино приезжает «злой гений» Лары, деловой человек Комаровский, — а Лара ненавидит Комаровского, презирает и опасается из-за того, что он «испачкал» ее юность. Но на этот раз Комаровский как никогда убедителен, он предлагает, используя свои связи с большевиками, устроить Аару так, чтобы она оказалась в безопасности. Юрий, смущенный и уязвленный, тем не менее, призвав на помощь рассудок, принимает этот план спасения.