До самой смерти Сталина в 1953 г. корейцы подвергались вполне официальной дискриминации, хотя их положение было куда лучше, чем у других «репрессированных народов» (немцев, калмыков, крымских татар). В отличие от них, корейцы не должны были еженедельно лично являться в «спецкомендатуры» для регистрации, могли передвигаться по территории Средней Азии, а по получении специального разрешения – и за её пределами. Наконец, корейцы, в отличие от немцев или татар, и в сталинские времена могли учиться в высших учебных заведениях и занимать ответственные посты. Калмык или немец в 1941–1953 гг. не мог стать ни секретарём райкома, ни директором завода, ни офицером НКВД, а вот корейцы на этих должностях время от времени попадались. Тем не менее, дискриминация была реальной и весьма ощутимой. В армию корейцев не брали, выезжать за пределы Средней Азии по собственному желанию они не могли. Во время войны корейцев направляли на принудительные работы, в т.н. «Трудармию», где потери от болезней немногим уступали фронтовым. Правда, запрет на службу в армии не распространялся на тех немногочисленных корейцев, которые в 1937 г. проживали за пределами Дальнего Востока и избежали депортации. Многие из них приняли участие в войне, а один – капитан А.П.Мин – стал Героем Советского Союза.

После переселения основная масса корейцев оказалась в Узбекистане и Казахстане. По данным переписи 1959 г., в Узбекистане проживало 44,1% всех советских корейцев, в Казахстане – 23,6%. Расселяли корейцев деревнями, так что в Средней Азии образовывались корейские колхозы, которые в основном специализировались на выращивании риса и овощей. Однако расселение проводилось с таким расчётом, что больших «чисто корейских» районов не возникало, корейские посёлки были разбросаны на огромной территории, довольно далеко друг от друга, среди посёлков узбекских, казахских, русских. Вдобавок, в 1937–1938 гг. были ликвидированы многие корейские культурные учреждения, прекратил своё существование корейский пединститут и корейское книжное издательство (хотя газета продолжала выходить, сменив название на «Ленин кичхи» – «Ленинское знамя»).

В новых условиях владение русским языком стало жизненной необходимостью. Жить, пользуясь одним только корейским, не могли уже и простые крестьяне. После переселения началось быстрое обрусение корейцев. Большинство корейцев, родившихся до 1920 гг. и получивших среднее образование на Дальнем Востоке, испытывало трудности с русским языком, а вот среди корейцев, рождённых в Средней Азии, уже практически не было тех, для кого корейский язык был родным. Характерной чертой новых времён стало обилие смешанных браков, которые до переселения были крайней редкостью.

В 1945 г. количество советских корейцев резко выросло – за счёт присоединения к СССР Южного Сахалина. На его территории находились многочисленные шахты, где работали корейцы, направленные туда в порядке мобилизации японскими властями. К 1945 г. их число достигло 50 тысяч. Среди советских корейцев они образовали весьма своеобразную группу. В своём большинстве сахалинские корейцы были выходцами из южных провинций страны. После присоединения острова они оказались в странном положении: автоматически утратив японское подданство, они не приобрели подданства советского. Часть из них стала гражданами КНДР (в которой они, кстати, никогда не бывали), а большинство долгое время оставалось «лицами без гражданства», которым требовалось специальное разрешение на выезд с острова. В советское гражданство корейцев Сахалина стали принимать лишь после 1970 г.