Получив новые доказательства бесплодия царицы, оппозиция решила нанести правителю открытый удар. Среди русских источников самые подробные сведения о выступлении оппозиции содержит краткая летописная заметка из Хронографа так называемой редакции 1617 г. Этот источник носит компилятивный характер. При составлении глав, повествующих о событиях конца XVI в., автор Хронографа, по-видимому, использовал несохранившийся ранний летописец¹². Согласно Хронографу, «премудрый грамматик» митрополит Дионисий, большие бояре и московские гости решили просить царя Федора, чтобы ему «вся земля царские державы своея пожаловати, прияти бы ему второй брак, а царицу первого брака Ирину Федоровну пожаловати отпустить во иноческий чин и брак учинити ему царьскаго ради чадородия»¹³.

Степень достоверности позднего Хронографа сама по себе невелика. Но его сведения о выступлении оппозиции находят подтверждение в источнике независимого от него происхождения, что значительно повышает их ценность. Шведский агент в Москве Петр Петрей описал обычай, согласно которому Боярская дума разводила великих князей с бездетными женами. Бояре, отмечает Петрей, решили развести царя Федора с бесплодной Ириной и женить его на сестре боярина Ф. И. Мстиславского, но Борис расстроил этот брак¹⁴.

Русские писатели XVII в. старались щадить имя благочестивой Ирины Годуновой. Тем не менее в их сочинениях также можно обнаружить намеки на подготовлявшийся развод.

Осведомленный московский дьяк Иван Тимофеев в обычных для него туманных выражениях повествует о том, что Борис насильственно постригал в монастырь девиц — дочерей первых (!) после царя бояр, опасаясь возможности повторного брака Федора: «яко да не понудится некими царь принята едину от них второбрачием в жену ради неплодства сестры его»¹⁵. Осторожный дьяк не назвал имен «неких» лиц, которые «понуждали» Федора к «второбрачию». Более того, он умолчал о том, существовала ли угроза «понуждения» царя к разводу или «некие» лица привели ее в исполнение.

По данным Хронографа, бояре созвали «совет», который взял на себя миссию выразить мнение «всей земли». Совещание было достаточно авторитетным и представительным. В нем участвовали многие лица от «больших бояр и от вельмож царевы полаты». Подлинными инициаторами «совета» были глава церкви митрополит Дионисий и бояре Иван Петрович, Василий, Андрей и Дмитрий Ивановичи Шуйские. Влияние Шуйских достигло апогея после весенних волнений. Сторонники развода царя пытались привлечь на свою сторону главу думы Ф. И. Мстиславского. Они обещали Мстиславскому сделать его сестру новой царицей. Боярскую интригу поддержали столичная знать, духовенство и торговая верхушка посада. Участие столичных гостей и купцов придало «совету» земский характер. Совещание выработало письменный документ. Члены совещания скрепили его своими подписями («рукописанием»). «Земля» пыталась продиктовать свою волю самодержцу. Столкнулись два принципа — самодержавный и земский соборный. Закон был на стороне земства. Бесплодие царицы было достаточным основанием для развода. Василий III развелся с Сабуровой, а Иван IV с тремя царицами по той же причине. Решение о разводе было принято старшим регентом, главой церкви, Боярской думой и представителями «царствующего» града.

Боярская дума могла провести в жизнь свое решение, если бы этому не помешал раскол в ее собственной среде. Регента Шуйского и митрополита Дионисия поддержали бояре Мстиславские, бояре Андрей Шуйский с двумя братьями, боярин Ф. Шереметев, воевода И. Крюк-Колычев и другие дворяне. Эти бояре и руководство церкви располагали поддержкой населения Москвы. Активными участниками собора были богатые московские гости и купцы — Федор Нагой, Голуб, Русин Синеус.