В значительной мере победе Годунова способствовало то, что в его руках находилась военная сила — «двор» и, прежде всего, «дворовые» стрелецкие приказы, несшие охрану Кремля. «Двор» был последышем опричнины и включал тщательно отобранных дворян и стрельцов. События 1584 и 1586 гг. показали, что старый механизм управления, основанный на насилии, утратил действенность. Годуновы сделали карьеру в опричнине и на дворовой службе, но они раньше других поняли необходимость перемен. Страна не желала возврата к временам Грозного, и в 1587 г. правитель, проявив политическую мудрость, объявил о роспуске «двора»²⁸. Иначе говоря, именно Борис — преемник Грозного — упразднил его политическое наследие — раскол дворянского сословия, на котором Иван IV воздвиг свою неограниченную власть. Роспуск «двора» был венцом карьеры правителя России. В то же время эта мера отняла у него надежную военную опору.

В 1588 г. страну постигли крупные стихийные бедствия. Неурожай привел к голоду, охватившему громадную территорию. Улицы столицы заполнили толпы неимущих. Именно в это время в Москве появился юродивый Иван Большой Колпак, который нагим ходил по улицам Москвы и обличал правителей, «особенно же Годуновых, которых считают притеснителями всего государства»²⁹. В 1584–1586 гг. поддержка могущественного дьяка A. Щелкалова помогла Борису одолеть Шуйских. Однако в 1588 г. раздор между соправителями привел к опале Щелкалова, длившейся не менее полугода. Круг сторонников Годунова сузился.

Оказавшись в изоляции, правитель прибегнул к репрессиям, которые свидетельствовали о слабости его позиций. По меткому замечанию B. О. Ключевского, современные летописцы верно понимали затруднительное положение Бориса и его сторонников при царе Федоре: оно побуждало бить, чтобы не быть побитым³⁰.

В обстановке нараставшего кризиса власти завершили розыск об измене Шуйских. Следствие вели с применением обычных в то время средств. Участников заговора брали на пыточный двор и допрашивали с пристрастием. Некоторые из арестованных дворян, убедившись, что их дело проиграно, поспешили сменить знамена. Федор Старой, служивший в свите Шуйских, подал донос на своих государей³¹. Власти получили важные улики, изобличившие вождей оппозиции в изменнических связях с Речью Посполитой. Бояре Шуйские, сосланные в деревню, в 1587 г. оказались под стражей. Как значится в книгах Разрядного приказа, «того же году 95-го сослан в опале в Галич князь Василий Иванович Шуйский». Из записи следует, что приставами у опального боярина были А. В. Замыцкий и галицкий судья князь М. Д. Львов. Оба дворянина внесены в список двора Федора (1588–1589 гг.). Против имени Замыцкого имеется помета «у Шуйских», против имени Львова — «у колодников, в Галич»³².

Более позднее «Сказание» свидетельствует, что Годунов перевел опальных Шуйских из их вотчин в темницы: князя Андрея — в Буй-город, князей Василия и Александра — в Галич, князей Дмитрия и Ивана — в село Шую. Список двора Федора подтверждает факт содержания Шуйских под стражей в трех местах. Так, в нем фигурируют трое дворян — А. В. Замыцкий, Ф. П. Чудинов-Окинфов и И. Р. Вырубов, служившие в конце 1588–1589 гг. приставами у опальных Шуйских³³.

Гроза грянула и над головой регента боярина И. П. Шуйского. Из отдаленной вотчины — укрепленного города Кинешмы — его перевели в Суздальскую вотчину — село Лопатниче, где он подвергся аресту³⁴.