Членам низложенной царской семьи удалось спастись в день восстания. Но вскоре их убежище было открыто, и тоща Боярская дума распорядилась заключить их под домашний арест. «Царицу же и царевича и царевну, — записал летописец, — поимаша и сведоша их на старой двор царя Бориса и даша их за приставы»²³.

Московская знать, презиравшая худородного Бориса, пожелала посмертно лишить его царских почестей. Свежая могила Годунова в Архангельском соборе была раскопана, труп умершего удален из церкви. Очевидец событий Яков Маржарет засвидетельствовал, что все это сделано было «по просьбе вельмож»²⁴. По словам «хранителя» царских гробов в Архангельском соборе, произошло это 5 июня 1605 г.²⁵. Очевидец события епископ Архангельского собора Арсений отметил, что тело Бориса вынули из гроба «ради поругания». Автор «Нового летописца» говорит о том же намеком: «…яко же и мертвенное тело поругано бысть». И лишь поздний «Морозовский летописец» сообщает подробности: «Царя Бориса извергоша из храма архистратига Михаила и повелеша извлещи на сонмище с великим поруганием: и камение на метали, и ногами пхати тело его, поверженное и на земле лежащее»²⁶.

Руководители думы надеялись заслужить милость самозванца. Фактически же их действия развязали руки Отрепьеву.

По словам Конрада Буссова, в Серпухове «царь Дмитрий» объявил, что он не приедет в Москву, «прежде чем не будут уничтожены те, кто его предал, все до единого, и раз уж большинство из них уничтожено, то пусть уберут с дороги также и молодого Федора Борисовича с матерью, только тогда он приедет и будет им милостивым государем»²⁷.

Известие Буссова находит неожиданное подтверждение в английском сочинении 1605 г. Автор сочинения весьма неловко скомпоновал черновые записки, полученные им от членов английского посольства. Поэтому сведения о письме самозванца оказались некстати включенными в рассказ о прибытии в Москву Г. Пушкина. По словам англичан, в письме «царя Дмитрия» значилось, что он отправил к москвичам «лиц знатного происхождения, как-то: князя Федора Ивановича Мстиславского и князя Дмитрия Ивановича Шуйского — и поручил им лишить его врагов занимаемых ими мест и заключить в неволю Годуновых и иных, пока он не объявит дальнейшей своей воли, с тем чтобы истребить этих чудовищ кровопийц и изменников…»²⁸.

Ф. И. Мстиславский и Д. И. Шуйский были как раз теми боярами, которые ездили в Серпухов. Английский автор попытался смягчить смысл приказа «Дмитрия», которого он всячески восхвалял. Однако рассказ Буссова показывает, что в письме из Серпухова самозванец требовал казни низложенного царя и прочих Годуновых (Требовать их «заключения в Неволю» не имело смысла, потому что все они уже находились под стражей).

Взявшись выполнить поручение Лжедмитрия, руководители думы фактически санкционировали расправу над царской семьей.

Первыми эмиссарами самозванца в Москве были Гаврила Пушкин и атаман Корела. Но у Пушкина не было думного чина, а Корела не располагал достаточными силами, чтобы принудить к подчинению высший орган государства — думу.

Завершив переговоры с Ф. И. Мстиславским, Лжедмитрий отправил в столицу особую боярскую комиссию. Формально ее возглавлял князь В. В. Голицын, обладавший необходимым чином. Фактически же главными доверенными лицами самозванца в московской комиссии стали члены путивльской «воровской» думы В. М. Мосальский и дьяк Б. Сутупов. Вместе с комиссией в Москву был направлен П. Ф. Басманов.

В «Сказании о Гришке Отрепьеве» упоминается о том, что посланцы Отрепьева явились в Москву «со многими людьми служивыми и с казаками».