Можно предположить, что сторонники Лжедмитрия, захватив патриарха в Успенском соборе, в дальнейшем постарались изолировать его, для чего заключили под домашний арест, как и семью низложенного Федора Годунова. Получив весть о перевороте в Москве, Лжедмитрий решил окончательно избавиться от Иова, предварительно использовав авторитет его имени. 5 (15) июня 1605 г. иезуит А. Лавицкий, близкий к особе самозванца, писал в письме следующее: «Теперь новость: московский патриарх признает светлейшего Дмитрия наследственным государем и молит о прощении себе, но москвитяне так на него распалились, что упрямому старцу ничего, кроме смерти, не оставалось…»⁴⁴

Известие насчет признания «Дмитрия» патриархом Иовом было ложью, обычной в устах Отрепьева. Эта ложь предназначалась, прежде всего, для зарубежных корреспондентов самозванца, а также для уездных городов России⁴⁵. Пустив в ход версию, будто москвичи едва не убили Иова, самозванец желал подготовить умы к расправе с главой церкви. Он действовал, не заботясь о формальностях. Судьба патриарха решилась, когда Лжедмитрий был в 10 милях от столицы⁴⁶.

Самозванец поручил дело Иова той самой боярской комиссии, которая должна была произвести казнь Федора Годунова. Церемония низложения Иова как две капли воды походила на церемонию низложения митрополита Филиппа Колычева царем Иваном и его опричниками. Боярин П. Ф. Басманов препроводил Иова в Успенский собор и там проклял его перед всем народом, назвав Иудой и виновником «предательства» Бориса по отношению к «прирожденному государю Дмитрию». ВсЛед за тем стражники содрали с патриарха святительское платье и «положили» на него «черное платье». Престарелый Иов долго плакал, прежде чем позволил снять с себя панагию⁴⁷. Местом заточения Иова был избран Успенский монастырь в Старице, где некогда он начал свою карьеру в качестве игумена опричной обители.

Казнь низложенного царя Федора Годунова и изгнание из Москвы главы церкви расчистили самозванцу путь в столицу. По дороге из Тулы в Москву путивльский «вор» окончательно преобразился в великого государя. В Серпухове его ждали царские экипажи и 200 лошадей с Конюшенного двора. На пути к Коломенскому бояре привезли Отрепьеву «весь царский чин»: кое-какие регалии и пышные одеяния, сшитые по мерке в кремлевских мастерских⁴⁸.

В окрестностях Москвы Лжедмитрий пробыл три дня. Он постарался сделать все, чтобы обеспечить себе безопасность в столице и выработать окончательное соглашение с думой.

В московском манифесте Лжедмитрий обязался пожаловать бояр и окольничих их «прежними отчинами»⁴⁹. Это обязательство составило основу соглашения между самозванцем и думой. Другие пункты соглашения касались состава думы. Самозванцу пришлось удовлетвориться изгнанием Годуновых. Зато он получил возможность пополнить думу своими ближними людьми.

Гражданская война принесла с собой чрезвычайные потрясения. Возникла особая атмосфера, способствовавшая распространению всевозможных слухов.

Невзирая на двукратные похороны Бориса, страну захлестнули слухи о его чудесном спасении. Толковали, будто Годунов жив, а вместо него в могилу положили его двойника. На улицах люди под клятвою утверждали, будто своими глазами видели старого царя в подвале на подворье у Годуновых; будто Годунов бежал то ли в Англию, то ли в Швецию, то ли к татарам⁵⁰.

Толки о спасении Бориса достигли Тулы. Самозванцу они едва ли внушали тревогу. Подлинную опасность для него представляли иные слухи.

Обличения по адресу зловредного расстриги, утратившие влияние на умы в форме правительственных обращений, неожиданно возродились после падения Годуновых. За время пребывания в Кремлевском Чудове монастыре Отрепьев успел обратить на себя внимание не только своими редкими способностями, но и своей запоминающейся внешностью.