Отрепьев знал, какую власть над умами имеет духовенство, и спешил сменить церковное руководство. Не доверяя русским иерархам, самозванец решил поставить во главе церкви грека Игнатия. Выходец с Кипра, Игнатий прибыл в Россию в 1595 г. Грек сумел завоевать доверие Бориса Годунова и патриарха Иова. В 1602 г. он получил в управление рязанское архиепископство. И русские писатели, и находившиеся в Москве иностранцы с крайним осуждением отзывались о личных качествах Игнатия⁶³. Игнатий первым из церковных иерархов предал Годуновых и признал путивльского «вора». В награду за это Лжедмитрий сделал его патриархом.

На другой день после переезда во дворец самозванец велел собрать освященный собор, чтобы объявить о переменах в церковном руководстве. Низложение первого русского патриарха было актом вопиющего произвола и беззакония. Собравшись в Успенском соборе, сподвижники и ученики Иова постановили: «Пусть будет снова патриархом святейший патриарх господин Иов». Восстановление Иова в сане патриарха понадобилось собору, чтобы придать процедуре вид законности. Следуя воле Отрепьева, отцы церкви далее постановили отставить от патриаршества Иова, потому что он великий старец и слепец и не в силах пасти многочисленную паству, а на его место избрать Игнатия⁶⁴. Участник собора грек Арсений подчеркивал, что Игнатий был избран законно и единогласно. Никто из иерархов не осмелился протестовать против произвола царя.

Арсений не пометил точную дату избрания Игнатия⁶⁵. Но он знал, что «Дмитрий» созвал епископов на другой день после прибытия в Кремль, а поставление Игнатия совершилось в воскресенье. Аналогичные сведения сообщает автор «Иного сказания». Согласно «Сказанию», избрание Игнатия имело место в первое воскресенье после прибытия «вора» в Москву, «в неделю июня, в 24 день»⁶⁶. Автор «Сказания» допустил небольшую неточность: первое воскресенье после 20 июня приходилось не на 24, а на 23 июня 1605 г.

Поставив во главе церкви своего «угодника», Лжедмитрий произвел перемены в высшем боярском руководстве. Наибольшим влиянием в думе пользовались князь Василий Шуйский и его братья. На их головы и обрушился удар. Поводов для расправы с Василием Шуйским было более чем достаточно. Доносы поступили к самозванцу через П. Ф. Басманова, польских секретарей и телохранителей.

Василий Шуйский некогда расследовал обстоятельства смерти царевича Дмитрия. Поэтому к нему постоянно обращались, с тех пор как в Литве объявился самозванец. В кругу доверенных лиц князь Василий допускал откровенность даже после того, как Лжедмитрий сел на трон. Однажды на двор к князю Василию явились некоторые из московских купцов и горожан, чтобы поздравить его с царской милостью. Шуйский будто бы проехал по улицам столицы с «царем» в его экипаже. В ответ на поздравление одного купца, пользовавшегося полным доверием хозяина, Шуйский в сердцах сказал про нового государя: «Черт это, а не настоящий царевич; вы сами знаете, Что настоящего царевича Борис Годунов приказал убить. Не царевич это, а расстрига и изменник наш»⁶⁷. Стоявший поодаль купец подслушал разговор и поспешил донести о нем. Русские источники называют имена купцов и посадских людей, с которыми Шуйский вел неосторожные разговоры. Самым влиятельным из них был Федор Савельевич Конь — крупнейший архитектор и строитель своего времени. В поздних русских сказаниях дело представлено так, будто великий поборник православия князь Василий призвал к себе Федора Коня и другого известного московского человека — Костю Лекаря и сказал им, что государь — злой враг, богоотступник и еретик Гришка Отрепьев.