Отрепьев мог расправиться с Шуйским тем же способом, что и с Федором Годуновым. Но с некоторых пор он был связан договором с Боярской думой. Следуя традиции, Лжедмитрий объявил о созыве собора для суда над великим боярином.

Л. В. Черепнин возражал против отнесения июньских событий 1605 г. к разряду Земских соборов. По его мнению, то был, скорее, акт политической расправы, облеченный в форму соборного приговора. По существу, такая оценка представляется вполне верной. Продолжая наблюдения Л. В. Черепнина, В. Д. Назаров акцентировал внимание на участии в соборном суде выборных земских людей⁷⁹. Нет данных, которые бы позволили реконструировать состав соборного суда. Однако имеющиеся свидетельства принадлежат непосредственным очевидцам и могут быть подвергнуты взаимной проверке.

Находившийся в те дни в Кремле поляк А. Лавицкий писал, что Шуйских судили на большом (многочисленном) соборе, состоявшем из сенаторов, духовенства и других сословий. Капитан Маржарет, перешедший на службу к Лжедмитрию, утверждал, что Шуйские подверглись суду «в присутствии лиц, избранных от всех сословий». Следуя рассказам поляков из окружения самозванца, Г. Паэрле записал, что в суде участвовали как сенат (дума), так и народ⁸⁰.

Свидетельства иностранцев полностью совпадают с данными русских источников. Как подчеркнул «Новый летописец», Лжедмитрий «повеле собрата собор» с приглашением духовных «властей», бояр и лиц «ис простых людей»⁸¹.

Самозванец пришел к власти на волне народных восстаний. Поэтому нет ничего удивительного в том, что в первые дни своего пребывания в Москве он продолжал видеть в восставшем народе союзника. Представители столичного населения были приглашены на соборный суд, чтобы нейтрализовать возможные выступления приверженцев Шуйских. В высшем государственном органе — Боярской думе — Шуйские имели много сторонников, и самозванец опасался их происков.

С обвинениями против Шуйских на соборе выступил сам Лжедмитрий. По «Новому летописцу», «царь» объявил членам собора: «…умышляют сии на меня». С. Немоевский записал со слов секретаря Лжедмитрия обширную обвинительную речь «государя». Род князей Шуйских, утверждал самозванец, всегда был изменническим по отношению к московской династии: блаженной памяти отец Иван семь раз приказывал казнить своих изменников Шуйских, а брат Федор за то же казнил дядю Василия Шуйского. Фактически Лжедмитрий отказался от версии о наличии разветвленного заговора. Трое братьев Шуйских, заключил он, намеревались осуществить переворот своими силами: «…подстерегали, как бы нас, заставши врасплох, в покое убить, на что имеются несомненные доводы»⁸².

«Царь» утверждал, что имеет несомненные доказательства заговора Шуйских, а потому на соборном суде не было никакого разбирательства с допросом свидетелей и другими формальностями. Авраамий Палицын отметил, что Василия Шуйского осудили тотчас после публичной казни Петра Тургенева и Федора Калачника⁸³.

Под впечатлением убийств и казней даже близкие к Шуйским члены думы и освященного собора не посмели выступить в их защиту. Инициатива полностью перешла в руки «угодников» Лжедмитрия — патриарха Игнатия, бояр Б. Я. Бельского, П. Ф. Басманова, М. Г. Салтыкова, новоиспеченных думных людей из путивльской «думы». Как с горечью отметил «Новый летописец», «на том же соборе ни власти, ни из бояр, ни из простых людей нихто же им (Шуйским. — Р. С.) пособствующе, все на них кричаху»⁸⁴.

Опытному царедворцу Василию Шуйскому удалось пережить грозу в правление Бориса Годунова, которая едва не стоила ему головы.