Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев на заключение в тюрьму и ссылку. Лжедмитрий спешил с казнью и назначил экзекуцию на следующий день. Все было готово для казни. По существу, самозванец ввел в столице осадное положение: «…по всему городу уготовлены быша все стрельцы, вооружены во всем оружии, яко на битву» (по словам Массы, стрельцов было 8 тыс.)⁸⁶

На Пожаре распоряжался новый глава Стрелецкого приказа — боярин П. Ф. Басманов. Несколько тысяч стрельцов оцепили всю площадь полукругом. Преданные самозванцу казачьи отряды и поляки с копьями и саблями заняли Кремль и все ключевые пункты города. Были приняты все меры безопасности против возможных волнений. Выехав на середину площади, Басманов прочел приговор думы и собора о винах Шуйского. Вслед за тем палач сорвал с осужденного одежду и подвел его к плахе, в которую был воткнут топор. Сообщение Массы, будто Василий Шуйский продолжал обличать еретика Гришку, будучи на эшафоте, а московский народ рыдал, слушая его речь, относится к числу вымыслов⁸⁷. На площади осужденный вел себя совершенно так же, как и на суде. Стоя подле плахи, он с плачем молил о пощаде. «…От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего», просите «за меня — помилует меня от казни, которую заслужил…» — взывал князь Василий к народу⁸⁸.

Во время казни Петра Тургенева и Федора Калачника москвичи «ругахуся» на них. Из толпы кричали, что суд им «по делом» был⁸⁹. Шуйские пользовались популярностью в народе, и их осуждение вызвало среди москвичей разные толки. По свидетельству поляков, даже сторонники Шуйских боялись обнаружить свои чувства, чтобы не попасть под подозрение. По словам же Массы, народ выражал явное недовольство. С казнью медлили. Отмена казни не входила в расчеты П. Ф. Басманова, и он проявлял видимое нетерпение. Дело кончилось тем, что из Кремля на площадь прискакал один из телохранителей «царя», остановивший казнь, а следом за ним появился дьяк, огласивший указ о помиловании⁹⁰.

В Москве много говорили о том, что якобы прощения Шуйскому добились вдова Грозного старица Марфа Нагая, поляки братья Бучинские, Слонский и др.⁹¹

Отрепьев впервые увидел в глаза свою мнимую мать 18 июля 1605 г., когда ее привезли в Москву. Очевидно, Нагая просила за Василия Шуйского не при первом, а при втором его помиловании, когда Лжедмитрий вернул Шуйских из ссылки⁹².

Секретарь самозванца Бучинский был решительным противником Шуйских и, в отличие от Нагой, категорически возражал против освобождения их из ссылки. В собственноручном письме Лжедмитрию Бучинский напомнил: «Коли яз бил челом вашей царской милости о Шуйских, чтоб их не выпущал и не высвобождал, потому как их выпустить, и от них будет страх… и вы мне то отказали, что наперед всего богу ты обещал того ся беречи, чтоб ни одной хрестьянской крови не пролилося»⁹³.

Авторы записок и сказаний воспроизвели обнародованную Лжедмитрием версию помилования Шуйского, соответствовавшую определенному политическому расчету. Во-первых, самозванец желал подтвердить свое родство с вдовой Грозного еще до ее приезда.